戦略イニシアティブ（SS）への成長段階の拠点と位置付け、全国的にトップレベルの研究業績を上げている研究拠点を想定し、中核教員の数は10名程度とします。機構による支援期間は5年までとし、拠点形成活動経費の支援を行いますが、R1（世界級研究拠点）を目指すことを前提としているので、必要最小限とします。筑波大学のセンターの級別分類のR2（全国級研究拠点）を対象とします。

戦略イニシアティブ（A）として拠点形成を目指すための充分な実績と可能性を有する拠点が準備を行う段階と位置付け、筑波大学のセンターの級別分類のR4（育成拠点）相当を対象とします。研究拠点を目指すリサーチユニット、科学研究費補助金基盤研究（A）又は若手研究（A）相当以上の競争的資金を申請時に申請代表者が採択されていることを前提とします。自らの策定した拠点形成計画に従って、競争的資金の獲得を目指しつつ、優れた研究成果を創出することが期待され、中核教員の数は5～10名とします。支援期間は2～3年までとし、拠点形成活動経費の支援のみを行います。各種競争的資金に毎年度申請するものとします。異なる系や専攻等で組織化された学際融合研究や若手教員により構成される提案を推奨します。