当協会内には多くの組織が設置され、会員企業を中心にさまざまな活動を積極的に行っています。
理事会は、すべての理事をもって構成し、職務として「本会の業務執行の決定」「理事の職務の執行の監督」「会長、副会長、専務理事及び常務理事の選定及び解職」を行います。
協会事業を円滑に遂行する上で中心的役割を果たしている組織です。また、さまざまなテーマを担当する組織として、部会、ワーキンググループなどが各委員会内に設置されます。
当協会会員（経営者、従業者等）を対象とし、各テーマにおける専門家・スペシャリストが集い、切磋琢磨することを目指す、オープンな全員参加型の組織です。
地域の振興及び交流促進に資するため、JISAでは全国に6つの地区会(東日本、関東、東京、中部、関西、西日本)を置いています。
地区会では、講演会、懇親会などを開催しています。
地域における市場創造や地域の情報化促進を通じ地域経済の活性化に資するため、地域におけるビジネス連携の推進、高度IT人材の育成等の支援に取り組んでいます。