光学医療診療部・内視鏡センターは、内視鏡による検査と治療を行う中央検査部門です。消化器領域と呼吸器領域が中心で、上部消化管内視鏡検査、下部消化管内視鏡検査、超音波内視鏡検査、気管支鏡検査、胆道・膵領域内視鏡検査（ERCP）、カプセル内視鏡検査、バルーン小腸内視鏡、そしてそれぞれの臓器における内視鏡治療等の多数の検査・治療が毎日行われています。
　近年の低侵襲縮小手術の進歩に伴い、手術室での合同内視鏡手術として内視鏡的咽喉頭手術（endoscopic laryngopharyngeal surgery ; ELPS）や腹腔鏡・内視鏡合同手術(Laparoscopy and Endoscopy Cooperative Surgery)も積極的に行われるようになってきました。
　また、耳鼻咽喉科・泌尿器科・放射線科・救急部で使用された内視鏡の洗浄管理も重要な業務として行っています。
本院では、光線力学的治療（PDT : photo dynamic therapy）の専門病棟も有しており、レザフィリンを用いたPDTで子宮頸癌や消化器癌の治療を行っています。