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論文やレポートでは，引用文献のリストを作成し，本文中で文献番号を付記する必要があります。 ここでは，そのような文献引用の方法を説明します。
文献リストを作る環境が thebibliography 環境です。 「そんなの enumerate 環境（番号付き箇条書き）でいいじゃないか」と思うかもしれませんが，参考文献のリストにはそれなりの形式があります。 thebibliography 環境ではその形式に従ったやり方で文献リストを作ってくれます。
文献リストを出力したいところに次のように書きます。
\begin{thebibliography}{99}
\item 奥村晴彦，黒木裕介『\LaTeX 美文書作成入門』第9版（技術評論社，2023）
\item ……
\end{thebibliography}
99というのは文献リストの番号が最大で2桁になるという意味です。 これは番号部分の幅を定めるためだけに参照されます。
この方法では，本文中で文献を参照する際に自分で番号を間違えないように
奥村，黒木~[1] によれば，……であることが知られている~[3--5,7]
のように付けなければなりません（~ は，その部分で行分割しない空白です）。 これではリストの順番を変更するのに不便ですので，以下のようにコンピュータに任せた方がよいでしょう。
文献リストを出力したいところに次のように書きます。
\begin{thebibliography}{99}
\bibitem{美文書} 奥村晴彦，黒木裕介『\LaTeXe 美文書作成入門』第7版（技術評論社，2017）
\bibitem{…} ……
\end{thebibliography}
この \bibitem には，文献名を代表するような分かりやすい名前をつけておきましょう。 そして，本文中で文献番号が欲しいところで
詳しくは奥村~\cite{美文書} 第11章を参照されたい。
のように書きます。 こうして LuaLaTeX で2回処理すると \cite{美文書} が [1] のような番号で置き換えられます。 \cite と \bibitem を使った相互参照のある文書を処理するには，少なくとも2回タイプセットする必要があります。
文献の項目数が少なければ上の方法でもかまわないのですが，数が多くなってきたときには，この方法は若干面倒です。 LaTeX と組み合わせて文献データベースから自動的に参考文献リストを作るためのツールとして，BibTeX があります． ここでは，Unicode に対応した BibTeX である BibTeXu を用いて，文献処理を自動化してしまう方法を紹介します。
まず，「文献データベースファイル」を，TeX 文書のファイルとは別に作成します。 このファイル名を bunsi.bib としましょう。 この新しいファイルに，次に示すようにどんどん書いてしまうのです。
まずは日本語の文献です。
の『分子細胞生物学 第4版』という本があるとします。 その場合，相互参照のために使うラベル名を mcb とすると，次のように書きます。 author, title... といったそれぞれの項目は，順不同でかまいません。 思いついたまま書いてください。
@book{mcb,
author = "ボルティモア，ロディッシュ，ダーネル and others",
title = "『分子細胞生物学 第4版』",
publisher = "東京化学同人",
year = "2001年9月10日",
note = "野田春彦，丸山工作 訳" }
行末のコンマを忘れずに書いてください。
このうち，author（または editor）, title, publisher, year の4つは，どの本でも省略せずに書きます（他の項目は省略可）。 その他の著者の存在を示す「ほか」は，"and others" と記します。 note は本の情報等を書く項目であり，訳者はここに書いてしまいます。 なお，著者名が漢字であれば，yomi という項目に（できればアルファベットで "Kousaku Maruyama" のように）書きます。
次に，欧米の文献です。
という本があるとします。 その場合，相互参照のために使うラベル名を mcbe とすると，次のように書きます。
@book{mcbe,
author = "D. Baltimore, H. Lodish, J. E. Darnell and others",
title = "MOLECULAR CELL BIOLOGY, Fourth Edition",
publisher = "W. H. Freeman",
year = "2000" }
一方，本文（ファイル名を bunken.tex とします）には，文献リストを出力したい場所に次のように書いておきます。
本文では，先ほどと同様に文献を \cite で参照します。 あるいは，本文（\begin{document} と \bibliographystyle{jplain} の間）に \nocite{*} と書きます。 これは「一切文献を \cite で参照しません」という命令です。
確認しますが， 文献データベースファイル（bib ファイル）名は bunsi.bib です。 また，文献リストの形式には jplain というものを選びます。 これは，一般的に多く使われる文献リストの形式 です。
\documentclass{jlreq}
\begin{document}
\textit{Molecular Cell Biology}~\cite{mcbe} （日本語訳は『分子細胞生物学』~\cite{mcb} ）は，
\textit{Molecular Biology of the Cell} と並んで，しばしば分子生物学の入門書として読まれる本です。
\bibliographystyle{jplain}
\bibliography{bunsi}
\end{document}
他にも bib ファイルがあるときは \bibliography{bunsi,bunsi2} のようにコンマで区切ります。 その上で，以下のコマンドで処理します。
lualatex bunken bibtexu bunken lualatex bunken lualatex bunken
拡張子を省略していますが，そのほうが楽でしょう。 具体的には
bibtexu が作成した文献リスト bunken.bbl を覗いてみると，thebibliography 環境が書き込まれているのがわかります。 したがって，その後の lualatex によるタイプセットは少なくとも2回必要です。
「文献データベースファイル」を作るのが若干面倒だと思われるかもしれません。 BibTeX 関連ツールには，そのような作業を助けてくれるツールが紹介されています。
BibTeX よりスタイルのカスタマイズが簡単な BibLaTeX という LaTeX パッケージも便利です。