체포 실패 이후 해법을 찾지 못하던 공수처는 체포영장 만료 하루 전인 지난 5일 오후 9시쯤 돌연 경찰에 “체포를 일임하겠다”는 ‘체포영장 및 수색영장 집행 지휘’ 공문을 보내 경찰의 반발을 샀다. ‘구속영장은 검사의 지휘에 의하여 사법경찰관리가 집행한다’는 형사소송법 81조와 “인력·장비·집행 경험에 있어선 우리나라에서 경찰이 최고”라는 근거를 들었지만, 경찰과 사전 협의 없이 ‘지휘’ 관계를 명시한 공문은 “실무를 모른다”(검·경 관계자)는 지적을 받았다.
윤 대통령 측이 연일 공수처 수사와 법원의 영장이 위법·위헌하다고 주장하는 상황에서 “그 정도의 강한 저항을 생각하지 못했다”(이재승 공수처 차장), “(경호처의 저항 등) 예측 못 한 부분이 많이 발생했다”(오동운 공수처장)는 해명도 ‘준비 부족’이라는 비판을 키웠다. 참여연대는 지난 6일 “내란범 체포영장마저 집행 못 하는 공수처 한심하다”며 “제대로 된 준비 없이 영장 집행에 나섰다가 반나절 만에 집행을 포기하면서 비판을 사더니 아예 체포영장 집행을 포기하겠다는 공수처의 무책임한 행태를 강력히 규탄한다”는 성명을 냈다. 결국 공수처는 하루 만에 공문을 철회하고 공수처·경찰의 공조수사본부 체제로 2차 체포 시도를 하겠다고 밝혔다. 공수처는 지난 6일 서울서부지법에 체포 기한 연장을 위한 체포영장을 재청구해 7일 발부받았다.
오동운 공수처장은 전날 법제사법위원회 전체회의에 출석해 “사법부에 의해 정당하게 발부된 영장이 제대로 집행되지 못해 법치주의가 훼손된 점을 가슴 아프게 생각한다. 국민들께 매우 죄송하다”며 “2차 집행에서는 비장한 각오로 철두철미하게 준비하겠다”고 사과했다.