4月はじめをフェーズ1の後半からフェーズ2の移行期と判断した健康医療部。医療崩壊を防ぐためにPCR検査体制の強化、患者の症状に合わせた医療提供など、急ピッチで対応し、空床がある病院に対して交渉し病床の確保などもおこなった。 なかでも無症状・軽症者を隔離するためにホテルを宿泊療養施設とする施策は、4月3日に事業者を募集し、7日には締め切り。翌8日にはダイヤモンド・プリンセス号で経験を持つ自衛隊と打ち合わせをおこない、14日から運用開始という異例の速さとなった。 医療崩壊という最悪な状況を予想し、宣言後はもっと陽性者が出ると試算していた健康医療部。4月9日の92人という数字は最高値であるが、「試算よりは低い数値だった」という。 緊急事態宣言後2週間たった22日、新規陽性者が31人になり、大幅に減少を見せ始め、陽性者に対する医療体制が追い付くことになる。そして、そのまま陽性者は急増することなく、医療崩壊を防ぐことに成功した。
藤井部長は「走り抜けた」1月から5月までの約半年間についてこう語る。「大阪が初めて緑に点灯できたとき、大阪のみなさんが本当に協力してくださったからだと思った。大変かといわれれば大変だった。でも、コロナに関わっている人はみんな大変だったと思う。健康医療部は一部業務を縮小した他部局から10人で25班、合計250人の応援が来てくれ、保健所や府内、府外、いろいろな方が全力で対応してくれた。病院医療も、宿泊療養に協力してくださったホテルも、PCR検査に協力してくださった機関も、府からの大変なお願いに対応してくれた。たくさんのみなさんが協力してくれたから第一波を乗り越えることができたと思う」