エル・ニーニョとは熱帯太平洋の中部から東部、ペルー沖にかけての海面水温が数年に一度大規模に上昇する現象をいいます。

もとはペルーやエクアドルの漁師たちが数年毎にクリスマスの頃に海面水温が高くなり魚が捕れなくなる現象をエル・ニーニョ(スペイン語で男の子のことであり、特にイエス・キリストのことを指す)と呼んでいたものですが、観測が進むにつれて小規模で局地的な現象ではなく、太平洋全域にわたり半年以上続く大規模な気候変動現象と認識されるようになりました。
1980年以降では、1982年春～1983年夏、1986年秋～1987/1988年冬、1991年春～1992年夏、1993年春～1993年夏、1997年春～1998年夏、2002年春～2002/2003年冬に発生しました。
なお、エル・ニーニョと反対に熱帯太平洋の中部から東部にかけての海面水温が数年に一度大規模に低くなる現象を「ラ・ニーニャ」(スペイン語で女の子のこと)いいます。

エル・ニーニョは、大気と海洋の強い相互作用の結果、現れる現象です。エル・ニーニョが発生していない時であれば、貿易風（赤道付近で通常吹いている東から西へ向かう強い風）は太平洋赤道域の表層の海水を西向きに運び、暖かい海水が太平洋赤道域の西側に吹き寄せられます。
このため、西側で上昇気流が発生して気圧が下がり、海面水温の低い太平洋赤道域の東側では下降気流が発生して気圧が上がります。そして海上では東から西に向かう貿易風が吹きます。このように太平洋赤道域では大気が循環しています。
この時、ペルー沖では深海から表面に冷たい海水がもたらされます。深海からの冷たい海水には魚の餌となるプランクトンや藻が含まれます。

一方、何らかのきっかけ(このきっかけについてはまだよく分かっていません)で、この大気の循環が弱まって貿易風が弱まり、暖かい海水がそれほど西側に吹き寄せられなくなります。
この状態がエル・ニーニョが発生した状態です。この時、ペルー沖の海面の水は暖まって冷たい海水が湧昇しなくなり、魚の餌は供給されなくなります。魚の餌がなくなるので、魚は餌のある他の場所へ行ってしまいます。

ADEOS衛星やTRMM衛星が捉えたエル・ニーニョについては次のページをご覧ください。

http://www.eorc.jaxa.jp/ADEOS/Earth_View/jap/adeos17j.pdf
http://www.eorc.jaxa.jp/TRMM/gallery/elnino/index_j.htm
http://www.eorc.jaxa.jp/TRMM/gallery/elnino02/index_j.htm