電書連の組織は、総会（正会員）、理事会、常任理事会、業務執行理事会、運営会議、常設委員会をもって構成されます。
総会は年1回の開催、理事会は年2回以上の開催で、総会で選出された理事で構成され、この理事の中から代表理事、専務理事、常任理事、業務執行理事が選任されます。
運営会議は年1回以上の開催とし、総会で指定された者（「幹事」）で構成されます。
業務執行理事会の下には各種委員会が設置されます。また、各種委員会の下には各種部会が設置されます。各種部会で具体的な案件を討議して、各種委員会にあげ論議し、業務執行理事会に諮る仕組みです。