それほど影響はありません。 そもそも邪馬台国論争が重要だったのは3世紀の倭国像全体を知る為です。邪馬台国が九州説なら倭国はまだ分裂状態であった畿内説であるならば一定レベルの広域連合政権が存在したといわれていました。 戦後考古学の急速な発展により邪馬台国論争の決定打を見つける前に少なくとも西日本の広域において緩やかな連合政権が存在したことが確実視されています。 あとはその広域連合政権が邪馬台国連合であるか否かですが当初の目的は達成されているため歴史学の世界では邪馬台国の場所を特定することにそれほどの意義はありません。 九州説が正しいとなると邪馬台国連合は広域連合政権ではなく九州地方の一部に限定された小さな勢力でありかつ西にはその勢力を凌駕する勢力が存在したことになるため日本史研究への影響は限定的です。 畿内説であるならば先程述べた広域政権がそのまま邪馬台国連合になりその勢力が後のヤマト王権になったことになります。 どちらの説(その他のトンデモ説も含め)であろうとも日本の歴史研究には大枠では影響しません。 真の歴史学者、考古学者は邪馬台国論争などには既に興味は無く3世紀に突如として現れた西日本における広域な連合政権がその後(謎の4世紀)どのように発展したかの方が重要だからです。