北千住駅は、駅の中で地下鉄と繋がっているため、同じ改札を共用しています。 そのため、ICカードだと地下鉄を使った判定になり、地下鉄経由の運賃（そのほうが安いです）を取られます。 内訳は八王子→中野492円、中野→北千住293円です。 なお、これは中野・北千住・綾瀬駅に特有の挙動であり、他の駅では（地下鉄経由のほうが安いとしても）JR経由の運賃を取られます。 例えば北千住の1つ手前の南千住だと945円ですし、北千住の2つ先の亀有でも945円です。 （なのでこれらの駅に行くなら、わざと北千住で1回改札を通してから初乗りを払い直したほうが安くなるという制度上のバグ的なものがあります） たまに鉄道に詳しい人でも「絶対に全部JRの運賃を取られる」とか思い込んでいることがあるんですが、中野・北千住・綾瀬発着だけ違うということを知らないことが多いです。