ブリタニア（イギリス）が戦車より強い兵器を完成させて資源を求めて色々な国を侵略している世界観 主人公のルルーシュと妹のナナリーはそんな国の皇帝の子として生まれましたが、王妃の一人でルルーシュの母のマリアンヌが暗殺される 後ろ盾を失ったルルーシュとナナリーは皇帝の命令で皇族としての地位を剥奪され、これから戦争をすることになる日本に送り込まれる 数年後にナイトメアフレーム（KMF）という最新の人型兵器が実用レベルに達して初実践で投入されて本土決戦が始まってから間も無く日本も抗戦虚しく占領され、その折にルルーシュとナナリーは行方不明（≒戦争に巻き込まれて死亡）という扱いで戸籍上は亡き者にされました 戦時中に何度も死にかけた上、ナナリーはマリアンヌの暗殺現場に出会していて心理的なショックで目が見えなくなり、脚にも弾が当たって不自由でそんなナナリーにも過酷な環境に捨てた事や、まだ皇族だった頃にマリアンヌの死を報告した時には追悼する素振りもなく冷徹であることが気に入らなかったり皇帝は弱肉強食をモットーとしていて生まれながらにありとあらゆるものを与えられてきたルルーシュに対して厳しい言葉を浴びせられた恨みから皇帝を強く憎み、 ・皇帝の打倒（≒ブリタニアの崩壊） ・マリアンヌを暗殺した人物の特定と復讐 ・生きていることを知られるとマリアンヌの暗殺現場を見てしまったナナリーには口封じの危険があるので安心して暮らせる環境を用意すること を目的にマリアンヌと関わりのあった貴族が運営しているブリタニア人学校のアッシュフォードで名前を変えて一般人としてブリタニアの植民地となった日本で生きていましたが、ブリタニア軍に対抗するレジスタンスのテロ活動に巻き込まれてなんやかんやあってC.C.という頭を打たれて一度死んだのに蘇る不死の女からギアスという力を手に入れます ルルーシュのギアスは相手の目を見て命令することで1人に一度だけどんな命令でも実行させることができるというもので、これを便利使いしてレジスタンスをまとめ上げてブリタニア軍から奪ったKMFを使ってチェスのように指揮することでブリタニアの戦力と渡り合うことができるようになり、組織が巨大化していき黒の騎士団を結成 ルルーシュも素性やブリタニア人であることを隠すために仮面をかぶってゼロを名乗る指揮官としてブリタニアと戦っていく これにより細々としたレジスタンスやブリタニアの支配に少なからず嫌悪感のあった日本人たちからの支持を受けさらに規模が拡大 レジスタンスを支援している親玉的な組織からも注目されて最新兵器を与えられてノリに乗っていく が、他のギアスユーザーが現れてC.C.に依存していたのでC.C.がルルーシュと行動を共にしていることが許せず取り戻しに来てナナリーや彼女のシャーリーに危害を加えたり、互いに正体を知らぬままですが旧友のスザクがブリタニア軍の新進気鋭のエースパイロットとして活躍をし始めてハイスペック最新機でルルーシュの計画を瓦解されたり、実はそんな関係なのを知るよしもなく学園で顔を合わせて仲良くしたり（先にルルーシュがスザク≒敵と正体を知ってしまい情に流されて葛藤したり）正体がバレないように学園生活とテロリストのリーダーの二足の草鞋生活に苦戦したりという感じの内容