ダウンロードした素材がどのようなものかがわからないと原因が正確には掴めません。
これを使っているというのが分かるようにURLを貼ることをおすすめします。
それを前提に考えられるのはそもそもダウンロードしたものが「AviUtl用の」シーンチェンジ素材ではないのではないでしょうか。
AviUtl用のシーンチェンジ画像であればtransitionフォルダに入れた段階でシーンチェンジに追加され使用できます。
特に設定等は必要ありません。
(要するに「そもそもpng素材をどう動かしてシーンチェンジを作るのかすら分からない」という認識がそもそも間違い。
入れればいいだけなので動かすための設定等は一切必要ない。)
あとは使い方が分からずに画像ファイル等で呼び出してしまっているとかはありませんか?
シーンチェンジ素材として導入したものは「シーンチェンジ」の種類を変更する部分のプルダウンに追加されます。
素材の大きさに関わらず画面に合わせて引き伸ばされるのでシーンチェンジで正しい素材を使用している場合には小さく表示されてしまうということはありえません。
シーンチェンジではなく他の方法で使っている可能性が考えられます。
現状の情報で予測できる範囲はここまでなのでどれも当てはまらない場合はどの素材をどう使用したのかを明示いただくことをおすすめします。
(個人的には前者の可能性が極めて高いと思います。
boothで「シーンチェンジ」「トランジション」で検索した感じ、でてくる素材はそもそも使い方が違うやつばかりでした。
例えばココフォリア用のものはAviUtlでは使えません。仕組みがちがうので。
またPC慣れしていないとAPNGとPNGの違いがわからない方もいるかと思うのでその関係で間違った素材を入れている可能性もあります。)