多分ストーリーを理解してないですね。 FF5には第1世界、第2世界、第3世界があるのは理解していると思います。ストーリーは第1世界から始まりますが世界は元々第3世界の形なんです。 エヌオー封印の為それぞれのクリスタルが2つに分けられ第1と第2に散らばりました。 つまり第1と第2世界がくっついた世界が第3世界(元通り)なのです。 なので1と2のマップを合わせると1になかった場所に2のオブジェクトがあるんです(逆もそう) 例えばですが第1世界には中心に孤島の神殿という山に囲まれて行けない場所があります。結局行けないまま第2世界へ向かってしまいます。 第2世界では孤島の神殿があった場所にビッグブリッヂの橋が出来ています。勿論第2世界なので孤島の神殿はありません ですが第3世界で合体した事により孤島の神殿にビッグブリッヂがくっついて神殿に行けるって事ですね。 なので質問者様の質問内容から答えると「第1世界に戻ってきた。戻ってきただけなのに地形が変わってる」ではなく「第3世界というあるべき姿に戻った(合体した)」が正しいですね。