民間機が理由なく皇居の上を低空で飛行することは好ましくない とされているだけで、理由があったり、公共の航空機等であれば話は違ってきます。 さらにいうとflightrader24で表示されているルートは完全に正しいとは限らないので、実際には皇居の横を飛んでいる場合もあります。 何かあれば管制官から該当航空機のパイロットに指示をするので、なんとも言えません。