ペルソナ5は主人公以外のペルソナは固定でしたが、メタファーでは全員がアーキタイプ(ペルソナのようなもの)の変更が可能です。
ただ、戦闘中の入れ替えはできず、戦闘前にセットしたもので戦います。一応、敵の弱点などは事前に知れることがほとんどなので、そこまで困りませんでした。
あとは戦闘システムも少し違います。ペルソナ5では弱点を突くと連続行動可能でしたが、メタファーではパーティーの人数分、行動メーターのようなものがあり、通常1回行動につき1消費するのですが、弱点を突くと0.5消費で済むというものです。他にもパーティーの連携技のようなものもありますが、細かいところを挙げるとキリがなさそうなので、戦闘システムが若干違うということだけ覚えておけばいいです。
それとペルソナ5では敵を仲間にして合成したりするシステムがあるのですが、その様なシステムはメタファーではありません。アーキタイプが十数種類あるので、それを適宜付け替える感じです。アーキタイプを増やす方法としては仲間が増えるとその度に増える感じですね。
あとメタファーでは格下の相手はターン制のバトルに入らず、アクションだけで倒せるようになりました。アクションと言っても攻撃と回避くらいしかないので、アクション自体が面白い訳ではなく、格下相手に時間を浪費しないシステムです。
個人的にはペルソナ5の方がハマったかなと思います。単純にストーリーがペルソナ5の方が好みでした。ただ、戦闘はメタファーの方が好きだったかもしれません。
メタファーは学校がないので、ストーリー進行がない限り基本自由行動なのですが、ペルソナ5ほどやれることがないですし、キャラごとのストーリーもそこまで惹かれないものもありました。ちなみに恋愛要素はペルソナ5にはありますが、メタファーにはありません。ここら辺楽しみにしてると、終盤でないことに気づくので注意してください。