退職届に「申し訳ありません」と記載することは一般的には控えめにした方が良いでしょう。退職届は簡潔に事実関係のみを記載するのが望ましいと考えられています。 退職の理由や経緯については、上司や人事担当者に別途説明する機会があると思われますので、その際に気持ちを伝えることができます。退職届自体には、退職日や退職理由の簡単な記載で十分です。 ただし、会社によってはある程度の気持ちの表明を求められる場合もあるかもしれません。その際は「申し訳ありません」ではなく、例えば「長らくお世話になり、感謝しております」といった表現を使うことをお勧めします。 要するに、退職届は極力簡潔に事実関係のみを記載し、気持ちの表明は別の機会に行うのが一般的な扱いと言えるでしょう。