大陸の縁辺にあった日本列島が南東に移動したときに開いた海です。底の方にはマントル物質が沸き上がっていているようで、大陸棚が広がる大陸性の沿海とは違った形成過程を経ています。そのため水深が深く、中央部には日本列島から取り残された形の大和堆などの浅い部分が残っています。 西側は対馬海峡で東シナ海に、東側は津軽海峡で太平洋に、北側は間宮海峡と宗谷海峡でオホーツク海と接しています。 北の二つの海峡は浅いので氷期の海面低下期に陸化しましたが、津軽海峡は陸にならず、対馬海峡も大半は陸化したが海水の移動のできる幅は残ったとされ、完全な淡水化はしなかったと考えられています。 対馬海峡から北上する暖流である対馬海流が日本列島に沿って強く流れ込んでいて、津軽海峡から太平洋に流れています。そのため比較的暖かく、間宮海峡から南下する寒流のリマン海流はそれほど大きな流れにならず、大陸沿岸を流れるだけです。そのため流氷も北部にとどまり大きく南下しません。