コンビニ側に事情を説明してレシートを確認してもらったところで、レシート上は交通系マネーで支払った事になっているのでクレジット分の返金は難しいと思います。「でもクレジットでも引かれているんです」と伝えて明細を見せたところで、レジでは交通系マネーで処理されていますのでと返されて終わりです。 前例はありませんが、万が一、二重で会計されている証拠がコンビニ側で取れれば返金はできると思います。