気密性だけを考えると、具体的に検討できるのは「断熱材の密度の変更」や「サッシの特注」ではないでしょうか。
構造上の変更（壁厚の変更）は、多大なコストがかかるので、避けた方がよいと思います。 やっても効果があまり期待できないと思います。
「断熱材の密度・・」については、意外にも対応してくれるかもしれません。
どこの箇所を という問題も出てくるので、担当者や設計士の手腕によるかもしれません。
サッシについては、よく三井と比較されるのは東急ホームのサッシです。
三井jホームと形式が酷似している東急ホームのミルクリークですが、サッシは独自で２重になっていてガラスの間にガスが充填されており、高気密性が保てる優秀なものです。全館空調とともにこれを売りにしているほどです。
おそらく、三井ホームにおいてもサッシの種類は豊富にあると思われるので、
寒冷地仕様や断熱に優れた特殊なものがあるかもしれません。
気密性・断熱性の最大のキーは「窓」 ですから。
また
気密性が優れるということは、内部の音 が響くということになります。
家の中の音はとても響きます。 下の階でヒソヒソ話をしても上の階まで響いてしまいます。
上の階と下の階の音が床から響く のは、これは床構造の件になりますが、
これは設計で対処可能なレベルの筈です。
ピアノを置く場所の床補強 ってありますね、あれを上階の床に施す人もいます。
それだけで、床からの音 の防音対策は充分の筈。
それ以上こだわっても大差ないと思います。
二世帯の建築の場合、意外にあった方がよいと思われるのは、
・玄関の靴やクローク式の「大きめの収納庫」、両世帯間の「内線電話」
・全館冷暖房の各世帯別に調整ができるコマンド（東急ホームではついています）
でしょうか・・
ご参考に。
