What do you have that I want? ⇒ What that I want do you have? 関係代名詞のthatで先行詞はwhatです。 また、whatは目的語なのでthatは省略できます。 そうするとこうなります。 What I want do you have ? でもこんな言い方は普通せず、こういう語順になります。 Do you have what I want? ただし、これだと「私が欲しいものをあなたは持っていますか?」になるので、これを「私が欲しいものをあなたは「何か」持っていますか?」という少しひねった強調文章にしたいから、例文の、What do you have that I want?というように表します。