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https://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q11308897866
TVアニメ版と新劇場版を比較してるなら、他の回答の通り世界(宇宙)が違うからです。 TVアニメ版はアダムとリリスが神の世界で、アダムの使徒とリリスの使徒が登場します。 新劇場版は旧劇場版のサードインパクトで初号機(シンジ=碇ユイ)が創造した世界なので、新劇場版に登場する生命体は全てエヴァ初号機の使徒です。アダムとリリスは全く関係なくなり、最後の進化儀式はエヴァイマジナリー、エヴァ第13号機、エヴァ初号機で行います。(TVアニメ版ではアダム、リリス、初号機で行いました。) なので新劇場版のサードインパクトの影響で、L結界密度の濃い場所にいる生命体はエヴァ初号機の姿になり、首が落ちて徘徊します。赤いエリアを徘徊している首なしです。サードインパクトはシンエヴァの円盤特典映像で描かれてるので、よかったら見てみてください。
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補足 つまりTVアニメ版はアダムとリリスが神の世界で、 新劇場版はエヴァ初号機(シンジ)が神の世界です。 ニアサードインパクト以降、シンジは初号機(神)と完全シンクロしたため、DNAパターンがオレンジ(リリン)でも青(使徒)でもないため、正体不明として扱われていました。 実際は神(DNAパターンカラー不明)であり、神の力を行使して、使徒のコアと同化した綾波を剥がす等、世界の理を書き換えることができます。
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一言で言うと続編ではなく、心機一転した別ものです。 旧作は旧劇場版で完結 新劇場版は、公式発表も続編でなく作り直した 新作です 故にタイトル表記を ヱヴァンゲリヲンにしています。 エヴァンゲリオンとは似て異なるもの、 原案のボツタイトルですので原点回帰の意味もあるでしょう。 最終章はシン·エヴァンゲリオン シンシリーズは基本的に過去作のリビルドです。 新劇場版は旧作のセルフオマージュであるということかと思います。
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TV版と新劇場版の比較を言ってますか？ それなら旧エヴァと新エヴァで世界自体が変わってるからです。 要はTV+旧劇場版の世界が終わった後、新劇場版の世界がスタートしており、その時に設定などが少し変わってます。 ※エヴァはループの物語なので、その世界が終われば繰り返しその世界が始まる世界で、その世界から抜け出すのがシンエヴァです。
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この作品はフィクションであり脚本劇だからです。 新劇場版序の時点で「設定も立ち位置も違うし別の作品だよ、タイトルもヱヴァンゲリヲンだし」とプロデューサーがネタバレしてる。 作品が脚本を書き換えて何度も上映されてると捉えてください。 実際、この作品のラスボスは「脚本」そのもので、シンエヴァには未使用映像としてガイウスの槍に破壊される「破壊される脚本」というシーンがあります。（シンエヴァBlu-ray参照） シンジが綾波にエヴァ以外にも君の居場所あるよとエヴァ(という作品)から立ち去るよう諭すシーンでは作品が2人を邪魔しようとしているのがわかる。 銀魂とか観てたらわかると思うけど、メタフィクション構成になっています。
ちなみにエヴァの前に勇者特急マイトガインという作品があってですね。 銀魂の監督の高松信司作品なんですが。 ラスボスはスポンサー。 作品を放送するために毎週敵を送り込んでいたというオチ。 ラストシーンは主人公とヒロインがハネムーンに出発しハッピーエンド。 と思いきや、ただの絵でした。 お前らがこれまで観てきたこの作品はただの絵物語だぞ、というオチ。 シンエヴァもこれとほとんど一緒。 シンエヴァの場合はキャラクターたちが出演をボイコットして作品をネオンジェネシスに書き変えてしまうというオチ。 銀魂で言えば作品を金魂に変えてしまうようなもの。
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