>>デトリタスごと吸い出すのか、水槽内の水を吸い出すのかどちらが有効でしょうか。
目視で確認できるとは、どのくらいの量か想像して見ましたが、数ミリ溜まっていてるが、そんなに多くないのかな?と理解しました。その場合でお答えします。
サンプを触ってはいけません。中には絶妙なバランスで生息する、いろいろな生態系が成立しているからです。多くの場合、硝化バクテリアにのみ注目されていますが、そうでは無く、その前段階に必要な、硝化の前に必要な作業をこなす、色々なバクテリアが存在するからです。
サンプを触ってしまうと、池の底をかき回すのと同じで、水槽の生き物に大ダメージを与えてしまいます。実際に成体を長期に飼育していると、失調や病気の発症は、ほとんどがサンプを触った時に起こる事が確認できるはずです。ですので、サンプを触るのは、サンプを触った方が、起こりうるリスクより、確実に、絶対に、結果が良いと思える時、その時のみにしましょう。そうでなければ、白点を誘発したり、神経質なサンゴや生体の失調を招くだけだからです。
確実に、絶対に、結果が良いと思える時にだけ、サンプを触る習慣を付けましょう。たとえば、流量が落ちていて、水質が落ちてきたり、硝酸塩が蓄積しすぎ、いくら水替えをしても濃度が落ちない、PHが下がり気味で何をしても上がらない、などの具体的な弊害を確認した上で、白点や他の病気や失調のリスクと比べ、「これは触らないとどうしようも無い」と判断された時だけに触る事にしましょう。
つまり、予防的にサンプを触る、水質が落ちたら困るのでサンプを触る、というのはご法度です。サンプを触ると、生体にダメージがあるのは100%ですが、触らない場合、ほぼ0%だからです。
実際に、すでにダメージがあるのを解消するための清掃ならOKです。その場合は迷う間もなく、直ぐに取り掛かってもOKです。放置すれば、確実にダメージが広がるからです。
ながながと書きましたが、上記の理由で、水替えは、水槽で行います。リスクしか予想できない、サンプのお掃除は、絶対にご法度です。