安全運転管理者の選任は「一定台数以上の自動車」の『使用の本拠ごと』に行うことが必要です(道路交通法74条の3第1項)。 A・B・Cという事業所があって、それぞれ一定台数の自動車があれば、事務所ごとに、選任届出が必要です。 質問の場合、本社ではなく、「使用の本拠」のある事業所を管轄する警察署に選任届出を提出する必要があります。