いったん定額減税のことはすべて忘れてください。 定額減税はいっさい考えずに例年どおりの年末調整を行うと、所得税の還付（たまに徴収）が生じますよね。 そのパート従業員さんは年間の所得税額が6900円と確定したわけです。 毎月の天引きする源泉所得税は、ざっくりとした仮の計算です。 ことし１～５月は定額減税はありませんでしたから、いつもどおり天引きされていました。 ６月からは定額減税がありますが、ざっくりと仮の計算で算出した源泉所得税を算出したうえで、月次減税というかたちで「天引きしなかっただけ」なのです。 そのうえで年末調整すると、定額減税を考慮しない最終的な税額（そのパートさんなら6900円）が確定します。 そして、確定した税額から定額減税（扶養がなければ１人３万円）を引き算します。 ３万円をひいて残ったものが、会社を通じて納税されます。 残りがゼロまたはマイナスになれば、その方の源泉徴収税はゼロだったということになります。 （源泉徴収票の税額欄が０円となる）