共通テストの受験科目を間違えてしまった場合、不合格になる可能性は十分にあります。大学によっては、指定された科目を全て受験していないと不合格とする場合があるためです。 ただし、大学側の対応次第では、例外的に合格を認められる可能性もゼロではありません。電話で「本当はダメだけど認めると言うふうに言われた」というのは、大学側が柔軟に対応する余地があるという意味かもしれません。 最終的には、その大学の方針次第となります。合否が分かるまでは不安な思いをされると思いますが、大学側と綿密に連絡を取り、状況を確認していくことが重要です。万が一不合格となった場合でも、次のチャンスに備えて準備を怠らないよう心がけましょう。