まずは１クール目。 中立コロニーのヘリオポリスで開発された地球製の試作MS５機のうち４機がザフトの精鋭部隊によって強奪される。成り行き的に強奪を免れて残ったストライクのパイロットになったコーディネーターの青年キラは盗まれた４機のガンダム相手に応戦するが戦闘の影響でヘリオポリスが崩壊。 そのあと、地球軍の戦艦アークエンジェルにキラ達は乗艦して臨時のクルーとして働くことになる。 強奪された４機のガンダムを擁するザフトの特殊部隊から逃避行を続けるなかで、戦艦アークエンジェルは最寄りの地球軍基地を頼る為に要塞アルテミスに向かう。 要塞アルテミスには光波防御帯という鉄壁のバリアがあることで慢心していた現地の将校と一悶着あった後、一瞬の隙を突かれ敵の４機のガンダムに要塞の内側と外側からそれぞれ攻められて要塞アルテミスは陥落。 満足な補給を受けられないまま崩れゆく要塞から飛び出したアークエンジェルはデブリ帯で廃墟の残骸の中から生活資源を回収するべく航路を進める。 他のクルーがデブリ帯で過去の爪痕に後ろめたさを感じながら資源回収を進める中ストライクに乗って周辺を警戒していたキラはラクスの乗った救難ポッドを発見してこれを救出。そのあと他のクルーと一悶着あったりしてこのままだとラクスが人質にされると知ったキラはラクスを乗せて無断で出撃したストライクでザフトの戦艦にメッセージを送りアスランのイージスと接触。 ラクスをザフトへと送り返すとキラはコックピットの中で寂しそうに咽び泣いた。 そのあと、地球の軌道上にやって来たアークエンジェルは味方の艦隊に出会い。 そこで物資の補給を受けてストライクの支援メカであるスカイグラスパーを納品される。そこで一緒にアークエンジェルに乗艦して来た一般人を脱出用のシャトルで逃そうとするのだが、味方の艦隊はザフトにやられて壊滅し、暴走したイザークのデュエルが放ったビームライフルの掃射でキラが守ろうとした女の子や一般人を乗せたシャトルは爆散し身も心もボロボロになった状態でキラはストライクごと大気圏突入の灼熱地獄に晒される。 ここからが２クール目。 大勢の犠牲を払って地球に辿り着いたアークエンジェルのクルー達であったが、キラは大気圏突入のダメージとそれまでの精神的なダメージが原因で寝込んでしまう。そんなキラを懐柔するべくフレイはキラに表向きは優しくも真綿で締め付けるように接するようになるのだった。 アークエンジェルの不時着した場所は砂漠の虎ことバルトフェルドが統治する砂漠の中でそこで出会ったレジスタンス集団「明けの砂漠」のなかにはヘリオポリスでキラと顔見知りになったカガリの姿があった。カガリ達「明けの砂漠」と共にバルトフェルドの部隊と交戦する一方で段々と蓄積されてゆくキラのストレスは遂に限界に達して怒りを爆発させる。 フレイとの関係が火種となりサイと口論になったり、無謀な戦いを挑んで命を落とした戦友に泣き崩れるカガリの綺麗事に手をあげたりと、怒りで我を忘れたキラの攻撃的な一面が顕になる。 その後、買い出しに出かけた先でバルトフェルドと出会い、彼を狙うアサシンを退けたりと一悶着あってキラはバルトフェルドの人柄を知り、そのあとで嫌嫌ながら戦う。砂漠の虎と決着をつけたキラは燃え盛るラゴウの残骸の側で佇むストライクのコックピット内で慟哭する。 砂漠の虎を退けたアークエンジェルは紆余曲折を得て次の航路を取る。 そこではザフトの新型MSディンや水中用MSのグーンとゾノが立ちはだかり水中戦でソードストライクが応戦したり、カガリの乗るスカイグラスパー2号機が無人島に墜落したりする。その無人島ではカガリのスカイグラスパーに輸送機を落とされてイージスで脱出したアスランも不時着しており、彼に遭遇したカガリは拳銃片手にアスランに挑むが、あっという間にアスランに組み伏せられる。 そのあと、焚き火を焚いて暖を取りながら、お互い味方の勢力と連絡を取ろうとするが、なかなか迎えが来ないのでぎこちないながらもお互いの事について話をする。 一晩明けて無線は回復して迎えが来た別れ際にカガリとアスランは初めてお互いの名前を名乗った。 カガリとアスランがそれぞれの陣営に戻った後アークエンジェルはオーブ近海にたどり着く、ザフトのいつもの部隊に襲撃を受けながら逃げ回る中でカガリがオーブの関係者であることをカミングアウト。その後オーブは紆余曲折を得てアークエンジェルの入港を許可。交換条件としてオーブはストライクの実践データの提出を持ちかける。アークエンジェルが条件付きで入稿した後、中立地帯でアークエンジェルを攻撃出来なくなったアスラン一行達はオーブにいたザフトのスパイを頼りにオーブに上陸した。 ここで25話が終わりです。 残りの半分は本編を見てのお楽しみです。