碇ゲンドウは、シンジに対して複雑な気持ちを抱いていたと考えられます。 ・シンジの母・綾波レイの死に対する責任感から、シンジに冷たい態度を取っていた面もあります。しかし、シンジを完全に拒絶していたわけではありません。 ・シンジを使徳として扱い、人類補完計画の重要な役割を担わせようとしていました。これは一種の愛情の現れとも言えます。 ・最終的にはシンジを受け入れ、人類補完計画を中止する決断をしています。これは父子の絆を重視した行動と解釈できます。 つまり、ゲンドウはシンジに対して愛情を持っていたものの、複雑な事情から表面上は冷たい態度を取っていたと考えられます。シンジが嫌いだったわけではありません。