はい、おっしゃる通りだと思います。ひまりちゃんとみつきちゃんはこの作品の主人公ですので、お二人のアイプリ対決を描いた場合、どちらかが負けてしまうことになります。そうなると、負けた方の主人公を応援しているファンの方が少し落胆してしまう可能性があります。 アニメ制作スタッフは、そういった事態を避けるため、お二人のアイプリ対決を描かず、みつきちゃんがアイプリバースに入れなかったという設定にしたのだと考えられます。これにより、お二人の対決は見られませんでしたが、どちらの主人公のファンも嫌な思いをする必要がなくなりました。制作スタッフがファンの気持ちを考えた上での配慮だったのではないかと思います。