職場が従業員の給与に関して「年末調整をする」のは 法令で定められている事柄です。 従業員側で判断できることではありません。 ご主人が確定申告をするのは、従業員側の事情です。 会社側には関係ありません。 従業員は、勤務先で年末調整を受けた後で確定申告すれば良いのです。 年末調整なしで確定申告する。 年末調整ありで確定申告する。 どちらも、結果（＝所得税納税額）は一緒です。 どのような状態であれ、「確定申告書の内容」が全てですから。