多分、和紙に毛筆＋墨で書くのが最強。
今のノートなどはほとんど中性紙ですど、昔の紙（40年くらい前まで）は酸性紙だったので時間が経つとボロボロになっていました。
30年くらい前の再生紙も変色が激しいなど、あまりもちが良くなかったので、長期保存したいのなら、中性紙を選ぶ方がいいと思います。
アピカ（日本ノート）の1000年ペーパーなど長持ちする高級紙だとより安心感があると思います。
染料を使ったボールペンインクよりも、鉛筆（黒鉛の粉）は変化はしにくいですが、こすれには弱いです。リングノートやルーズリーフより綴じノート向きだと思います。
ボールペンインクも、顔料インクだと多分長持ちします。顔料インクの水性ボールペンやゲルインクボールペンなどが入手しやすいです。
顔料インクの油性ボールペンは今では替え芯（ぺんてるローリー替芯）しか売っていないので、これから使いたいなら互換軸探しからになって面倒かもしれません。
（万年筆などの）顔料インクも耐水性耐光性長期保存可能とアピールしているものもあります。
油性ボールペンの中でも、低粘度油性インク（ジェットストリームなど）は紙との相性によっては、時間が経つとにじんでしまったり裏までインクがしみたりしてくることがあります。
早ければ1年くらいで裏までインクがしみてきてしまうこともあります。私はわりとジェットストリームと相性の悪い紙を選んでしまうことが多いようで、何度かくらってます。片面筆記で使っているのであまり困ってはいないです。
低粘度油性インクや万年筆の染料インクなどを使う場合は、毎行ぎゅうぎゅう詰めで両面に記入するのではなく、1行開けで裏表違う行に記入したり片面筆記にするなど、仮に裏までインクがしみてしまったときでも読めるようにノートの使い方に工夫すると、読めなくなる可能性を少し下げられると思います。
