งานตรวจสอบ เป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อคณะกรรมการตรวจสอบที่เกี่ยวข้องกับการตรวจสอบภายในตามกฎบัตรการตรวจสอบของสถาบัน และมีภาระหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับการกำหนดวัตถุประสงค์ เป้าหมาย ขอบเขตความรับผิดชอบและแนวทางการปฏิบัติงานของงานตรวจสอบ การตรวจสอบและประเมินในเรื่องต่าง ๆ ได้แก่ ความถูกต้อง ครบถ้วน ความเชื่อถือได้ของข้อมูลทางการเงินและข้อมูลการปฏิบัติงาน (Financial Auditing) ความมีประสิทธิภาพ ประสิทธิผล และความคุ้มค่าของแผนงาน งานหรือโครงการต่างๆ ของสถาบันว่าสอดคล้องกับวัตถุประสงค์ เป้าหมายที่กำหนด (Performance Auditing) การปฏิบัติงานต่าง ๆ ของทุกหน่วยงานให้เป็นไปตามนโยบาย กฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ คำสั่ง และมติที่เกี่ยวข้อง (Compliance Auditing) ความถูกต้องและเชื่อถือได้ของระบบประมวลผลข้อมูลด้วยคอมพิวเตอร์ (Information Technology Auditing) รวมทั้งการตรวจสอบ ประสิทธิภาพการบริหารงานด้านต่าง ๆ ของสถาบันว่ามีระบบการบริหารจัดการเกี่ยวกับการวางแผน การควบคุมและการประเมินผลเป็นไปตามหลักการกำกับดูแลกิจการที่ดี (Management Auditing) การประเมินผลระบบบริหารความเสี่ยงและระบบควบคุมภายในของสถาบัน ตลอดจนการเป็นที่ปรึกษาแก่อธิการบดี หน่วยรับตรวจ และผู้ที่เกี่ยวข้องรวมทั้งการดำเนินงานในเรื่องศูนย์ประสานสถาบันใสสะอาด และงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย