最近发现一个宝藏GWAS课程,整整两天的录播课程。
亮点:
1,配套全部环境的Linux镜像虚拟机,所有程序代码都可以在Linux中完成,Linux已经配置好常见的GWAS软件,比如plink、gcta、gemma、gapit、admixture、vcftools、bcftools、PopLDdecay、conda、git、java、beagle、rstudio-server等软件
2,内容包括常见的GWAS模型,比如GLM、Logistic、MLM,包括R语言的操作和GWAS软件(plink、gcta、gemma、gapit)的操作
3,流程代码详尽,包括数据格式整理、协变量整理、基因型数据清洗、建模、结果可视化、基因注释等内容
4,项目实战,用实际项目数据,从表型数据清洗,基因型数据清洗,群体结构分析(pca、admixture、LD衰减距离),GWAS建模分析,模型评价,GWAS结果可视化,基因注释等全部流程。