GWAS全称“全基因组关联分析”,使用统计模型找到与性状关联的位点,用于分子标
记选择(MAS)或者基因定位。
我一直推崇学些GWAS分析, 要先做后学(这里推荐一个两天的GWAS录播课程，需要可以私信) ,在分析的过程中哪里不会学哪里,这样
才能入门,才能进阶,才能掌握。而学习GWAS,最大的难点是如何开始,所以一个
好的带路人非常重要。从某种程度上,学习GWAS的过程,就是学习软件的过程,软
件学会理解各个参数,然后无往不利。常用的GWAS分析软件,这里都会有介绍,主
要有:
R语言和GAPIT软件包plink软件
GCTA
GEMMA
Haploview
admixture
PRSice-2
LDpred
LDSC
MATG
......
常用分析性状
GWAS分析的两类性状:
分类性状(阈值性状,质量性状):比如抗病性,颜色等等
连续性状(数量性状):比如株高,体重,产量等等
常用分析模型
GWAS的分析方法:
分类性状:logistic等等
连续性状:GLM,MLM模型等等
