大家好，我是邓飞，最近星球（飞哥的知识）有老师问了一个问题：
GAPIT软件，染色体的颜色是5个一循环，他有12个染色体，想每条染色体一个颜色绘制一条染色体：
我的回答：GAPIT大概率没有参数设置，但是可以把结果文件用CMplot进行可视化，这个肯定是没问题的，我回头写篇博客。那么，博客来了：
1，数据
library(CMplot)
data("pig60K")
# 挑选10000个位点
library(tidyverse)
set.seed(123)
dd = pig60K %>% sample_n(10000)
dd1 = dd %>% filter(Chromosome %in% 1:12)
dd1 %>% count(Chromosome)
head(dd1)使用CMplot软件包的数据，提取12条染色体作为演示：
2，默认绘制曼哈顿图
# 默认颜色循环CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output = F)
可以看出，十条染色体一组颜色，然后循环。
3，设置十二个颜色用于表示十二条染色体
CMplot包中的col参数，可以定义不同的颜色。
# 自定义每条染色体的颜色
colors = c("red", "blue", "green", "purple", "orange", "pink", "brown", "yellow", "cyan", "magenta", "gray", "black")
CMplot(dd1[,1:4],plot.type = "m",threshold = c(0.05/nrow(dd)),file.output = F,col = colors)Rstudio中不同颜色，直接在编程界面显示出来了，666
所以，结论是什么，就是设置12条染色体的颜色，赋值给col参数即可。
PS，如果有20条染色体，每个染色体一个颜色，如何设置：
colors <- c("red", "blue", "green", "purple", "orange", "pink", "brown", "yellow", "cyan",
"magenta", "gray", "black", "darkgreen", "darkblue", "darkred", "darkorange",
"violet", "gold", "lightblue", "lightgreen")
