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GWAS数据介绍之data2~9

多基因评分PRSice软件和测试数据,包括Windows系统和Linux系统。主要是GLM模型和LMM模型进行QQ图和曼哈顿图可视化的数据和代

学习方法

数据

多环境

测试数据

原创 1月前 9 阅读

GWAS数据介绍之data1

其中1_Main_script_QC_GWAS.txt里面包括所有运行的代码,基因型文件是plink格式的二进制文件, .R 是几个用于检测

学习方法

数据

github

二进制文件

原创 1月前 35 阅读

GWAS数据和软件下载

学习方法

数据

git

下载地址

原创 1月前 55 阅读

GWAS学习必备知识点罗列

1，配套全部环境的Linux镜像虚拟机，所有程序代码都可以在Linux中完成，Linux已经配置好常见的GWAS软件，比如plink、作。

学习

数据清洗

建模

程序代码

原创 1月前 11 阅读

GWAS如何高效学习

我一直推崇学些GWAS分析, 要先做后学(这里推荐一个两天的GWAS录播课程，需要可以私信) ,在分析的过程中哪里不会学哪里,这样。GWAS

学习

分析模型

关联分析

统计模型

原创 1月前 24 阅读

GWAS常用分析模型

这里固定因子是SNP,也可以考虑其它协变量(比如性别,PCA,群体结构等等),如果有GWAS相关问题,也可以私信加入我的知识星球,里面会对相关问题进

学习方法

线性模型

解决方案

原创 1月前 14 阅读

曼哈顿图如何指定不同染色体不同的颜色

我的回答：GAPIT大概率没有参数设置，但是可以把结果文件用CMplot进行可视化，这个肯定是没问题的，我回头写篇博客。PS

信息可视化

前端

javascript

数据

赋值

原创 2月前 56 阅读

GWAS分析中曼哈顿图如何添加基因信息

我充分体验到从小白到高手的过程，要是能当小白，我肯定不愿意看说明文档的。但是网上真的找不到，ChatGPT也是错误百出，于

学习方法

高亮

知乎

公众号

原创 2月前 89 阅读

第四章：GWAS中的统计模型

4，ECMLLM，CMLM基础上开发，ECMLM 方法建立在带有附加参数的 CMLM 之上，该方法研究了测量不同基因

机器学习

人工智能

数据集

机器学习算法

数据

原创 3月前 46 阅读

GWAS分析中PCA分层不明显怎么办？你秀什么优越感？

但是，因为样本量很小，勉强将这些群体放在一起，但是这些分层的群体，分层之间的效应一定要去除，这和试验设计中设置

数学建模

线性回归

原创 4月前 84 阅读

GWAS分析中显著位点如何注释基因：excel？？？

大家好，我是邓飞。今天星球的小伙伴问了一个问题：我现在在做GWAS分析，现在已经找到性状关联的SNP位点，下一步我

excel

linux

算法

数据

视频教程

原创 4月前 146 阅读

孟德尔随机化分析和GWAS分析有什么区别？

程序人生

学习方法

线性回归

数据结构

随机化

原创 5月前 226 阅读

第二章：GWAS表型数据的准备和管理

3，数据集的组织和存储方式应便于重新分析。5，使用考虑空间趋势的混合模型增加了显着QTL的数量，这可能是由于性状的狭

python

人工智能

机器学习

线性回归

java

原创 5月前 200 阅读

《Genome-Wide Association Studies》第一章：GWAS分析的主要步骤和关键要点

这几天看过一遍了，觉得干货很多，有很多知识点的连通，弄懂了之前是是而非的概念，收获很大。我觉得阅读一本书

机器学习

人工智能

线性回归

数据结构

python

原创 5月前 159 阅读

第三章：GWAS基因分型平台介绍

最近在用obsidian整理自己的笔记，发现读书的时候，如果有些知识之前有所了解，就把他连接一下，发现关联到一起之后，

数据结构

线性回归

python

ci

ide

原创 5月前 55 阅读

从一篇孟德尔随机化文章看MR常见结果形式

上面结果中，左边上方是每个SNP的名称，每个SNP一行，x坐标是效应值的区间，每一行SNP的黑点是效应值的大小，

人工智能

线性回归

随机化

可视化工具

稳健性

原创精选 5月前 498 阅读

孟德尔随机化的术语理解

工具变量（Instrumental Variable）是指那些与特定暴露因素（如生活方式或生物标志物）相关的遗传变异（通常是单核苷酸多态性

人工智能

随机化

统计模型

基础概念

原创 5月前 177 阅读

第四章：GWAS中的分析模型介绍和注意要点

多位点GWAS模型代表的方法多位点混合线性模型（MLMM），FarmCPU，BLINK，BOLT-LMM模型，比较

机器学习

人工智能

python

java

线性回归

原创 5月前 223 阅读

孟德尔随机化R包：TwoSampleMR和MR-PRESSO安装

r语言

mr

开发语言

github

ci

原创 8月前 1730 阅读

R语言迅速计算多基因评分（PRS）

GWAS分析结果中，有每个SNP的beta值、se值、P值，因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码，所以这些显著的SNP的beta值为：0。

python

预测模型

安装使用

数学公式

原创 10月前 205 阅读

关于遗传力常见的误解

正确的解释：遗传力为0.4，就意味着表型变异中有40%是由基因型变异决定的。

python

方差

sed

多环境

原创 2024-03-19 14:19:58 154 阅读

如何引用R语言版本以及R包版本

在分析数据时，我们需要引用R语言的特定版本，以及使用R包的版本，其实R语言中有代码可以调用，下面介绍一下。

r语言

开发语言

ci

Core

BibTeX

原创 2024-02-25 00:15:06 334 阅读

GWAS软件：GEMMA的安装和使用教程

GCTA和GEMMA是GWAS分析中应用最广泛的两款软件，GCTA可以在Windows电脑下运行，而GEMMA软件只有Linux和Mac系统，这里介绍一下如何在Linux系统中安装GEMMA软件。。

python

linux

数据

github

原创 2023-11-05 18:52:34 1217 阅读

GWAS软件包：GAPIT3它来啦

GAPIT是一款非常老的而且非常流行的软件包，傻瓜式操作，一键出图出结果，一篮子的解决方案，是我最经常使

python

数据

github

官网

原创 2023-10-29 11:35:30 430 阅读

plink分析100个性状的批量gwas分析

大家好，我是邓飞。GWAS分析时，3~5个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是

chrome

前端

数据

bash

建模

原创精选 2023-10-22 20:27:11 340 阅读

配置AI围棋：Sabaki+Katago 支持复盘99围棋和野狐围棋

大家好，我是邓飞，作为一个围棋爱好者，没有自己的AI引擎是不专业的，搞起来。

人工智能

文件名

软件下载

初始化

原创 2023-10-22 20:26:29 6000 阅读

vcf 文件如何修改染色体修改样本名称提取样本

大家好，我是邓飞。用到的软件是bcftools，用到的系统是Linux。

python

数据

bc

处理方法

原创精选 2023-10-18 10:15:04 887 阅读 1点赞 1评论

new bing的chatGPT如何解析英文论文pdf

V）来计算遗传值（EBV）和基因组遗传值（GEBV）的预测准确度。

chatgpt

pdf

python

数据

交叉验证

原创 2023-07-25 23:40:11 431 阅读

ldsc python程序安装以及测试

下一章节介绍ldsc的运行教程。貌似python没有配置好。这个bug后面博客更新。

python

开发语言

github

git

软件安装

原创 2023-06-25 10:36:17 285 阅读

liftOver 不同版本基因组文件相互转化

大家好，我是邓飞。前一段时间有小伙伴在星球提问：想将不同版本的SNP数据合并，不想重新call snp，想把绵羊的V2和V4版本的数据合并，具体来说，是V2转为V4然后与V4合并。我建议用liftOver软件进行处理，并许诺写篇博客介绍一下。还有小伙伴想把1.2的参考基因组，变为3.1的，问我如何处理，我还是建议用liftOver，在线网站也可以解决，但是本地编程更快一些。1. 不同基因组转换对

r语言

hg

数据

V9

原创 2023-06-03 01:57:52 418 阅读

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GWAS学习必备知识点罗列

GWAS如何高效学习

GWAS常用分析模型

曼哈顿图如何指定不同染色体不同的颜色

GWAS分析中曼哈顿图如何添加基因信息

第四章：GWAS中的统计模型

GWAS分析中PCA分层不明显怎么办？你秀什么优越感？

GWAS分析中显著位点如何注释基因：excel？？？

孟德尔随机化分析和GWAS分析有什么区别？

第二章：GWAS表型数据的准备和管理

《Genome-Wide Association Studies》第一章：GWAS分析的主要步骤和关键要点

第三章：GWAS基因分型平台介绍

从一篇孟德尔随机化文章看MR常见结果形式

孟德尔随机化的术语理解

第四章：GWAS中的分析模型介绍和注意要点

孟德尔随机化R包：TwoSampleMR和MR-PRESSO安装

R语言迅速计算多基因评分（PRS）

关于遗传力常见的误解

如何引用R语言版本以及R包版本

GWAS软件：GEMMA的安装和使用教程

GWAS软件包：GAPIT3它来啦

plink分析100个性状的批量gwas分析

配置AI围棋：Sabaki+Katago 支持复盘99围棋和野狐围棋

vcf 文件如何修改染色体修改样本名称提取样本

new bing的chatGPT如何解析英文论文pdf

ldsc python程序安装以及测试

liftOver 不同版本基因组文件相互转化

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