写在前面

想想 TBtools (几乎)每天深夜(22:30~23:00)直播已经有一段时间了。整体主题从原本TBtools用户问题统一回复,变成:

  1. TBtools 使用问题讨论
  2. TBtools 新功能征集
  3. 我个人的生活闲扯
  4. 生信学习或其他问题讨论

具体话题范围变化还是挺大,主要还是看我个人心情。基本上保持在每次都有 10 个人左右,感觉还不错。

在前述有一次直播的过程中,有用户朋友提取了,他手上有一颗进化树,希望对分支进行重命名,不知道 TBtools 是否有这个功能。
我的第一感觉是,使用 Gene Structure View (Advanved)。但测试结果发现,我只支持了图片输出时的重命名,并未支持导出 重命名 后的 Newick。

这位用户朋友,几乎参与了每天晚上的直播。今天我刚从外面回到家,想休息下,于是,写了 TBtools 插件“小八” - Newick Rename

插件“小八”的安装

注:请更新 TBtools 到 1.045 或者更高版本,这样会避免一些可能存在的插件安装问题。

首先是打开插件安装菜单

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_重命名文件时在前面统一加入名字

随后是拖拽放置或者选取插件.jar(注意,TBtools插件只有两种格式 .jar 或者 .zip)

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_插件安装_02

于是插件成功安装

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_工具TempEst 进化树_03

插件“小八”的使用

首先,看下等待重命名的进化树

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_插件安装_04

忽略转录本信息,不是重点

我们希望做的是把进化树里面的 ID 调整为 新的 ID,比如(注意,列 以 制表符 分隔)

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_工具TempEst 进化树_05

首先是打开进化树重命名插件“小八”的界面

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_工具TempEst 进化树_06

从界面来看,我们可以知道,两个输入和一个输出,均同时支持文件或文本直接输入和输出。

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_jar_07

为了演示方便,这里只使用文本输入输出于是,设置输入,如下

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_插件安装_08

于是点击 Start ,得到结果

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_重命名_09

对进化树进行可视化,可得

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_插件安装_10

当然,既然是重命名,其实只要对新的名字设置好,就可以做到一些个人需要的方式,比如加上物种,等等,更或者保留原始 ID

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_重命名_11

于是得到

工具TempEst 进化树 tbtools 进化树_jar_12

我相信,如果括号里是 物种拉丁学名 ,应该会不少人感兴趣~~~

写在后面

别人总是提供很多解决方法,而我只会提供一个解决。
OK,虽然这个插件不咋样,不过还是老样子,并非主流需求(封闭期 - 至少六个月 - 也可能永远都 不会进入主程序)