如何使用Bash遍历文本文件的每一行？
使用此脚本：
echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
echo "${p}"
done
我在屏幕上得到以下输出：
Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'
(后来我想用$p来做一些比只输出到屏幕更复杂的事情。)
环境变量SHELL是(来自env)：
SHELL=/bin/bash
/bin/bash --version输出：
GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
cat /proc/version输出：
Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006
肽文件.txt文件包含：
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
#1楼
cat peptides.txt | while read line
do
# do something with $line here
done
和单线变体：
cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done
如果没有尾随换行，这些选项将跳过文件的最后一行。
您可以通过以下方法避免这种情况：
cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
# do something with $line here
done
#2楼
一种方法是：
while read p; do
echo "$p"
done
正如评论中指出的那样，这样做的副作用是修剪前导空白，解释反斜杠序列以及如果最后一行缺少换行符则跳过最后一行。 如果有这些问题，可以执行以下操作：
while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt
如果循环体可以从标准输入中读取异常，则可以使用其他文件描述符打开文件：
while read -u 10 p; do
...
done 10
在这里，10只是一个任意数字(不同于0、1、2)。
#3楼
选项1a： While循环：一次一行：输入重定向
#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do
echo $p
done < $filename
选项1b： While循环：一次一行：
打开文件，从文件描述符(在本例中为文件描述符＃4)读取。
#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4
echo Start
while read -u4 p ; do
echo $p
done
#4楼
这并不比其他答案更好，但是是在没有空格的文件中完成工作的另一种方法(请参见注释)。 我发现我经常需要一线来挖掘文本文件中的列表，而无需使用单独的脚本文件的额外步骤。
for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done
这种格式使我可以将所有内容放在一个命令行中。 将“ echo $ word”部分更改为所需的内容，然后可以发出多个由分号分隔的命令。 下面的示例将文件的内容用作您可能编写的其他两个脚本的参数。
for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done
或者，如果您打算像流编辑器(学习sed)那样使用它，则可以将输出转储到另一个文件，如下所示。
for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt
我使用了上面写的这些内容，因为我使用的是文本文件，每行只有一个单词。 (请参阅注释)如果您有不想分割单词/行的空格，它会变得有些难看，但是相同的命令仍然可以按如下方式工作：
OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS
这只是告诉shell仅在换行符上进行拆分，而不是在空格上进行拆分，然后将环境返回到以前的状态。 此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本中，而不是将其全部压缩到一行中。
祝你好运！
#5楼
#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
echo $x
done
