面对越来越多的单细胞数据被上传至NCBI上，单细胞数据挖掘分析也逐渐走入大家的眼中。如何寻找一个合适的单细胞数据用于后续非常重要，这时候大家可能会经常遇到这么一个问题，一个标准的10x的数据，为什么我怎么也读取不进去呢？，这里我们以GSE163974数据为例。
首先，进入NCBI，下载该数据集https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
下载之后解压
一个
一个样本一个文件夹，如GSM4994385样本
修改文件名
这时候，打开Rstudio
#修改工作路径
setwd('C:\\Users\\aa\\Desktop\\10X')
options(stringsAsFactors = F)
#加载R包
library(Seurat)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(magrittr)
library(gtools)
library(stringr)
library(Matrix)
library(tidyverse)
library(patchwork)
library(data.table)
library(RColorBrewer)
library(ggpubr)
#读取数据，批量读取数据
dir_name=c('GSM4994385','GSM4994386')
datalist=list()
for (i in 1:length(dir_name)){
dir.10x = paste0("GSE163974_RAW/",dir_name[i])
my.data <- Read10X(data.dir = dir.10x)
datalist[[i]]=CreateSeuratObject(counts = my.data, project = dir_name[i],
min.cells = 3, min.features = 250)
}
这时候出现这样的报错，我们怎么处理呢？
这句话其实是告诉我们，我们的数据是有问题？
1、先解压表达谱，然后打开表达谱
修改成
使用7-zip反压回去
2、打开features文件，接着修改
添加一列
再反压回去，这时候在进行测试，只要报错就要修改，有的会提示你，barcodes最后一行无法识别，那就解压该文件直接打开删掉最后一行的空行。
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10x的数据相对来说还是比较规范的，如果遇到读不进去的时候，首先需要查看之前做过的10X的项目能不能读取进去，目的在于查看是否是环境不对导致的。
如果之前的可以，只有这套读取不见去，基本上可以认为是该数据有一定的问题，可以在进行修改，比对之前的文件，重新进行修正。
不同的R包版本，对于同一套数据可能是不一定的，可能在这套数据可以读取，下一套就不行的，这是因为不同版本的R对于10x数据格式要求的严格程度不同导致！
############新增，推荐一个在线分析的单细胞工具######
单细胞工具：http://www.sxdyc.com/singleCellTool
