一、LCS(最长公共子串)python实现

LCS问题就是求两个字符串最大相同的公共子串;我们现假设有两个字符串X,Y。其长度分别为m,n
	我们从X,Y两个字符串的最后一个字符串开始看起
	如果  Xm = Yn:
	LCS(X, Y) = LCS(Xm-1, Yn-1)+ "Xm"
	如果Xm != Yn:
	LCS(X,Y) = max(LCS(Xm-1,Yn), LCS(Xm, Yn-1))
	我们即构建了这样的动态转移方程。如果还不是特别明白,我们来看以下例子。

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python

    有了上述的动态转移方程,我们该如何编写代码呢?

    我们采用递归加备忘录的方式,基于刚刚的动态转移方程我们设置一个二维数组用来

    存放当前最长的公共子串。我们可得到以下递推式。

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python_02

                对于下列两个字符串,其产生的二维数组如下。

找公共子串python 最大公共子串 python_二维数组_03

    因此,我们只需对该二维数组进行遍历即能得到一个结果,若有多个,
    需要对该二维数组进行深度优先遍历。我们这里只考虑一种情况。
    从两个字符串最后一个字符开始看起,
    如果相等的话,则它的值来至与他在该数组的左上方,否则则来自它的左方或上方
    具体代码实现如下:
 

def max_common_s(s1, s2):
    chart = [[0 for i in range(len(s1)+1)]for j in range(len(s2)+1)]            #建立一个二维数组
    for i in range(1, len(s2)+1):
        for j in range(1, len(s1)+1):       
            if s1[j-1] == s2[i-1]:                                          #如果对应的两个值相等,则其左上方的值加1
                chart[i][j] = chart[i-1][j-1]+1
            else:
                chart[i][j] = max(chart[i-1][j], chart[i][j-1])             #要是不相等,则取其右方或上方的最大值
    return chart

def find_one(chart, s1, s2):
    max_str = ''
    i = len(s1)
    j = len(s2)
    while i > 0 and j > 0:
        if s1[i-1] == s2[j-1]:                  #若最后一个字符相等,则一定来自于左上方
            max_str += s1[i-1]
            i -= 1
            j -= 1
        else:
            if chart[j][i-1] > chart[j-1][i]:           #若左边的数字较大,则来自左边
                i -= 1
            else:                                       #否则来自上方
                j -= 1
    return reversed(max_str)                            #逆序输出


if __name__ == '__main__':
    s1 = 'ABCasdasd'
    s2 = 'ADCsadsadsad'
    chart = max_common_s(s1, s2)
    print(''.join(list(find_one(chart, s1, s2))))

《1》最长公共子序列(LCS)与最长公共子串(DP)


二、其他资料:最长公共子序列(LCS)与最长公共子串(DP)


1. 问题描述

子串应该比较好理解,至于什么是子序列,这里给出一个例子:有两个母串

  • cnblogs
  • belong

比如序列bo, bg, lg在母串cnblogs与belong中都出现过并且出现顺序与母串保持一致,我们将其称为公共子序列。最长公共子序列(Longest Common Subsequence,LCS),顾名思义,是指在所有的子序列中最长的那一个。子串是要求更严格的一种子序列,要求在母串中连续地出现。在上述例子的中,最长公共子序列为blog(cnblogs,belong),最长公共子串为lo(cnblogs, belong)。

2. 求解算法

对于母串X=<x1,x2,⋯,xm>, Y=<y1,y2,⋯,yn>,求LCS与最长公共子串。
暴力解法
假设 m<n, 对于母串X,我们可以暴力找出2的m次方个子序列,然后依次在母串Y中匹配,算法的时间复杂度会达到指数级O(n∗2的m次)。显然,暴力求解不太适用于此类问题。
动态规划
假设Z=<z1,z2,⋯,zk>是X与Y的LCS, 我们观察到
如果Xm=Yn,则Zk=Xm=Yn,有Zk−1是Xm−1与Yn−1的LCS;
如果Xm≠Yn,则Zk是Xm与Yn−1的LCS,或者是Xm−1与Yn的LCS。
因此,求解LCS的问题则变成递归求解的两个子问题。但是,上述的递归求解的办法中,重复的子问题多,效率低下。改进的办法——用空间换时间,用数组保存中间状态,方便后面的计算。这就是动态规划(DP)的核心思想了。
DP求解LCS
用二维数组c[i][j]记录串x1x2⋯xi与y1y2⋯yj的LCS长度,则可得到状态转移方程

 

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python_04

 

  由最长公共子序列问题的最优子结构性质可知,要找出X=<x1, x2, …, xm>和Y=<y1, y2, …, yn>的最长公共子序列,可按以下方式递归地进行:当xm=yn时,找出Xm-1和Yn-1的最长公共子序列,然后在其尾部加上xm(=yn)即可得X和Y的一个最长公共子序列。当xm≠yn时,必须解两个子问题,即找出Xm-1和Y的一个最长公共子序列及X和Yn-1的一个最长公共子序列。这两个公共子序列中较长者即为X和Y的一个最长公共子序列。

 

 

在算法LCS中,每一次的递归调用使i或j减1,因此算法的计算时间为O(m+n)。

 

例如,设所给的两个序列为X=<A,B,C,B,D,A,B>和Y=<B,D,C,A,B,A>。由算法LCS_LENGTH和LCS计算出的结果如下图所示:

 

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python_05

 

 

代码实现

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1. public static int lcs(String str1, String str2) {  
2.     int len1 = str1.length();  
3.     int len2 = str2.length();  
4.     int c[][] = new int[len1+1][len2+1];  
5.     for (int i = 0; i <= len1; i++) {  
6.         for( int j = 0; j <= len2; j++) {  
7.             if(i == 0 || j == 0) {  
8.                 c[i][j] = 0;  
9.             } else if (str1.charAt(i-1) == str2.charAt(j-1)) {  
10.                 c[i][j] = c[i-1][j-1] + 1;  
11.             } else {  
12.                 c[i][j] = max(c[i - 1][j], c[i][j - 1]);  
13.             }  
14.         }  
15.     }  
16.     return c[len1][len2];  
17. }

DP求解最长公共子串

前面提到了子串是一种特殊的子序列,因此同样可以用DP来解决。定义数组的存储含义对于后面推导转移方程显得尤为重要,糟糕的数组定义会导致异常繁杂的转移方程。考虑到子串的连续性,将二维数组c[i][j]用来记录具有这样特点的子串——结尾同时也为为串x1x2⋯xi与y1y2⋯yj的结尾——的长度。
得到转移方程:

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python_06

最长公共子串的长度为 max(c[i,j]), i∈{1,⋯,m},j∈{1,⋯,n}。
代码实现

[cpp] view plain copy

 

1. public static int lcs(String str1, String str2) {  
2.     int len1 = str1.length();  
3.     int len2 = str2.length();  
4.     int result = 0;     //记录最长公共子串长度  
5.     int c[][] = new int[len1+1][len2+1];  
6.     for (int i = 0; i <= len1; i++) {  
7.         for( int j = 0; j <= len2; j++) {  
8.             if(i == 0 || j == 0) {  
9.                 c[i][j] = 0;  
10.             } else if (str1.charAt(i-1) == str2.charAt(j-1)) {  
11.                 c[i][j] = c[i-1][j-1] + 1;  
12.                 result = max(c[i][j], result);  
13.             } else {  
14.                 c[i][j] = 0;  
15.             }  
16.         }  
17.     }  
18.     return result;  
19. }

找公共子串python 最大公共子串 python_找公共子串python_07

找公共子串python 最大公共子串 python_公共子序列_08

找公共子串python 最大公共子串 python_公共子序列_09

3. 参考资料
[1] cs2035, Longest Common Subsequence.
[2] 一线码农, 经典算法题每日演练——第四题 最长公共子序列.

[3] GeeksforGeeks, Dynamic Programming | Set 29 (Longest Common Substring).