普通的格式化硬盘是不会影响硬盘寿命的。格式化分为高级格式化和低级格式化。高级格式化仅仅是清除硬盘上的数据，生成引导信息，初始化FAT表，标注逻辑坏道等。而低级格式化是将硬盘划分出柱面和磁道，再将磁道划分为若干个扇区，每个扇区又划分出标识部分ID、间隔区、GAP和数据区DATA等。低级格式化是高级格式化之前的一件工作，每块硬盘在出厂前都进行了低级格式化。低级格式化是一种损耗性操作，对硬盘寿命有一定的负面影响。而我们平时所用的Windows下的格式化（包括在DOS下面使用的格式化）其实是高级格式化。
对于近几年新购进的硬盘，包括高格和低格在内的格式化操作，都不会影响其寿命。
与以前相比，现在硬盘的物理结构发生了一些变化，直接影响到相应的硬盘指令实现方式的变化，其中最重要的就是硬盘寻道方式的变化导致的格式化指令的变化。目前用户能访问的，是经过转化后的逻辑扇区，而不是实际的与物理磁头对应的物理扇区。这样，用户实际上已经无法对物理意义上的硬盘进行操作了。现在所谓的低级格式化只不过是实现了重新置零和将坏扇区重定向罢了，并不能实现硬盘再生，也没有物理意义上的修复功能。
对于常用的高级格式化，“快速格式化”仅仅是重置硬盘分区表，即使是“完全格式化”，也不过是在重置硬盘分区表之外，把所有扇区重新置零。由此可以看出，用户运行的格式化指令与其他普通的读写操作并无本质区别，而在硬盘整个寿命中，这种读写的次数则只能用天文数字来计量了，格式化或者Ghost操作的次数完全可以忽略不计。根据现有硬盘制造技术，普通应用中单纯因为读写而导致硬盘损坏的情况是非常罕见的，大多数硬盘故障都与外部物理碰撞、读写中突然停电以及电路损坏有关。所以，格式化中惟一需要考虑的就是避免上述这几种情况的发生。