frame.addWindowListener(new WindowAdapter() {
@Override
public void windowClosing(WindowEvent e) {
int choose = JOptionPane.showConfirmDialog(null, "您确认要退出吗？",
"message提示", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
if (choose == JOptionPane.YES_OPTION) {
System.exit(0);
} else if (choose == JOptionPane.NO_OPTION) {
return;//这里就不见了jframe，但是程序没有退出的。应该只是隐藏了。 我打印出visible属性是true
}
}
});



choose 有3个值，除了上面两个外还有用户直接点击关闭对话框按钮
JFrame关闭窗口的方法
public void setDefaultCloseOperation(int operation)
operation默认是 HIDE_ON_CLOSE
所以要用WindowListener则必须把operation设置为
DO_NOTHING_ON_CLOSE

参照API：
setDefaultCloseOperationpublic void setDefaultCloseOperation(int operation)
设置用户在此窗体上发起 "close" 时默认执行的操作。必须指定以下选项之一：
DO_NOTHING_ON_CLOSE（在 WindowConstants 中定义）：不执行任何操作；要求程序在已注册的 WindowListener 对象的 windowClosing 方法中处理该操作。
HIDE_ON_CLOSE（在 WindowConstants 中定义）：调用任意已注册的 WindowListener 对象后自动隐藏该窗体。
DISPOSE_ON_CLOSE（在 WindowConstants 中定义）：调用任意已注册 WindowListener 的对象后自动隐藏并释放该窗体。
EXIT_ON_CLOSE（在 JFrame 中定义）：使用 System exit 方法退出应用程序。仅在应用程序中使用。
默认情况下，该值被设置为 HIDE_ON_CLOSE。更改此属性的值将导致激发属性更改事件，其属性名称为 "defaultCloseOperation"。
补充：
只需要添加或修改下面这行就行了
this.setDefaultCloseOperation(JFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);