目的：学习以Python为基础的生物信息学数据处理。这里的所有工作在MacOS进行。

笔记1：Python运行环境的安装

Anaconda是免费的Python运行平台，从官网下载安装：https://www.anaconda.com/。程序中的Jupyter Notebook是一个非常好的学习python的应用，可用于作笔记和运行python代码。

编写Python代码，建议使用PyCharm(或者Vim)，使用txt编辑器会有一些隐藏格式上的问题。PyCharm下载地址：https://www.jetbrains.com/pycharm/。PyCharm是收费软件，但可以选择试用，到期后仍可继续使用，但每30分软件会重启。由于软件会自动保存数据，所以可以继续使用。

Bioconda是一个可以方便安装很多生物信息学包的平台，我选择使用它进行数据分析。Bioconda是Conda下的一个Channel。选择安装Bioconda之前，需要安装Conda。由于Conda是Anaconda的一部分，如果已经安装了Anacoda，则不必安装Conda，否则需要安装Minicoda。Miniconda是Conda的安装包名称，用于与Anaconda区分。

安装方式：在MacOS Terminal中分别运行以下代码。后两个是分别安装r和conda-forge

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

查看安装是否成功：打开Anaconda，在Environments - Channels 下可看到已安装的Channel，如下：

使用代码查看所有Channel：在Home - Jupyter Lab中，进入Console，输入以下代码，按Shift + 回车(在别的地方可能只需要回车即可)

conda config --show channels

查看所有Package：在Console中，输入并执行代码：conda list

当要使用一个package时，在代码开始写入import package_name。比如安装好Bioconda后，系统自动安装了numpy这一个package，我们使用它，并查看它的版本信息。代码如下：

import numpy as np
print(np.__version__)

这里import as可以将package名称进行临时修改，方便下面使用