3D Slicer PLUS

转载

mob604756f09529 2021-01-05 14:27:00

1.configuration file包含的XML元素

Version Major版本号

PlusRevision创建配置文件更加详细的plus版本

Data collection ：定义所有用于采集和处理数据的设备Coordinate system definition坐标系定义（固定变换矩阵列表）（见2）
StartupDelaySec：开始使用各种采集设备之前，留有充足的时间初始化。

DeviceSet
Name 设备名称，如NDI Polaris...

Description设备描述

Device
Type设备类型

AcquisitionRate采集率

LocalTimeOffsetSec

MissingInputGracePeriodSec初始设备多久后，不再报missinginput是个错误

ToolReferenceFrame工具参考坐标系

ReportUnknownToolsOnceWhen

InputChannels该设备采集需要的输入通道列表（每个输入通道就是另一个设备的输出通道）

DataSources数据源
DataSource（Id、Type、BufferSize、AveragedItemsForFiltering参与时间戳冗余滤波的的数目、 PortName工具识别、PortUsImageOrientation图像原点、图像类型B超or、ClipRectangleOriginClipping图像裁剪原点、ClipRectangleSizeClipping 图像裁剪尺寸）

OutputChannelsList输出通道列表

Application elements应用模块

Freehand calibration(fCal) setting(单独讨论)

Plus sever setting（见3）

Algorithm elements算法模块
Probe calibration algorithm探头校准算法(单独讨论)

Phantom registration algorithm体模注册算法(单独讨论)

Pivot calibration algorithm针尖校准算法(单独讨论)

Temporal calibration时间校准算法(单独讨论)

Volume reconstruction algorithm体重建算法（不讨论）

RF processing algorithmRF处理算法（不讨论）

专业术语注释：

Device: 一个独立的数据获取或处理单元。每个设备都有自己处理的线程（与其他设备并行运行，负责从输入端读取数据，并提供给输出端）。

Data source: 提供一支数据流，既可以是transform也可以是图像流。这个流还包括每个项目的元数据：时间戳、状态（数据是否有效）。
Channel: 捆绑多个数据源的输出，一个通道可以包含一个图像流+任意数量的跟踪数据流。

Output channel: 通过输出通道可以为其他设备和算法提供数据。

Input channel: 一个设备需要从其他设备接收数据。

2.Coordinate system definition

格式：

CoordinateDefinitions

Transform
From 'From' coordinate frame of the transform

To 'To' coordinate frame of the transform

Matrix

Data

Error

实例：
1     <Transform From="Tool" To="Tracker"
2       Matrix="
3         1    0    0    0
4         0    1    0    0
5         0    0    1    0
6         0    0    0    1"
7        Date="2012.02.06 17:57:00" Error = 0.05/>
需要探讨的就是From=“Stylus” To=“StylusTip” ； From=“Image” To=“Probe”

3.Plus sever setting

格式：

PlusOpenIGTLinkServer

ListeningPort Port 服务器监听传入连接的端口号，通常为18944

OutputChannelId 数据来源通道

MaxNumberOfIgtlMessagesToSend每次更新发送出去的最大数量信息，默认100

MaxTimeSpentWithProcessingMs每次更新将数据发送给客户端需要的最大时间花销，默认50

SendValidTransformsOnly 只发送有效的变换数据，默认TRUE

DefaultClientSendTimeoutSe 默认0.5

DefaultClientReceiveTimeoutSec 默认0.5

IgtlMessageCrcCheckEnabled如果TRUE，那么传入的OpenIGTLink消息只有在其CRC有效时才被接受，默认FALSE

DefaultClientInfo

MessageTypes Message Type=(IMAGE:图像；TRANSFORM三维变换矩阵；POSITION三维位置数据等)

TransformNames Transform Name="***"

StringNames (不常用)

ImageNames Image Name=“***” EmbeddedTransformToFrame ("To" frame of the transform embedded in the IGTL image message)

实例：
 1 <PlusOpenIGTLinkServer 
 2   MaxNumberOfIgtlMessagesToSend="10" 
 3   MaxTimeSpentWithProcessingMs="50" 
 4   ListeningPort="18944" 
 5   MissingInputGracePeriodSec="5.0"
 6   SendValidTransformsOnly="TRUE" 
 7   OutputChannelId="SomeValidChannel" > 
 8   <DefaultClientInfo> 
 9     <MessageTypes> 
10       <Message Type="IMAGE" />
11       <Message Type="TRANSFORM" />
12     </MessageTypes>
13     <TransformNames>
14       <Transform Name="StylusTipToReference" /> 
15       <Transform Name="ProbeToReference" /> 
16     </TransformNames>
17   </DefaultClientInfo>
18 </PlusOpenIGTLinkServer>

4.FQA

如何利用多种设备收集数据（如图像流、跟踪数据流）？

1.将所有的硬件设备采集配置放在<DataCollection>域内；

2.添加Virtual Mixer设备，创建一个新的通道，包含所有硬件设备的输出信息；

一般情况下，一个Mixer设备就足够了，但是为了防止多个通道分别包含不同的内容，可以添加使用多个Mixer设备。

1     <Device Id="TrackedVideoDevice" Type="VirtualMixer" >
2       <InputChannels>
3         <InputChannel Id="TrackerStream" />
4         <InputChannel Id="VideoStream" />
5       </InputChannels>
6       <OutputChannels>
7         <OutputChannel Id="TrackedVideoStream"/>
8       </OutputChannels>
9     </Device>