ncx文件是epub电子书的又一个核心文件，用于制作电子书的目录，其文件的命名通常为toc.ncx。

ncx文件是一个XML文件，该标准由DAISY Consortium发布（参见http://www.daisy.org）。

下列是一个toc.ncx文件的实例，其中红色部分为必需。<navMap>元素列出了目录的名称和链接地址。其子元素<navPoint>支持嵌套。

<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<!DOCTYPE ncx PUBLIC "-//NISO//DTD ncx 2005-1//EN" "http://www.daisy.org/z3986/2005/ncx-2005-1.dtd">
<ncx version="2005-1" xmlns="http://www.daisy.org/z3986/2005/ncx/">
 <head>
  <!-- The following four metadata items are required for all NCX documents, including those conforming to the relaxed constraints of OPS 2.0 -->
  <meta name="dtb:uid" content=" "/>
  <meta name="dtb:depth" content="-1"/>
  <meta name="dtb:totalPageCount" content="0"/>
  <meta name="dtb:maxPageNumber" content="0"/>
 </head>
 <docTitle>
  <text>数字档案馆理论与技术研究</text>
 </docTitle>
 <docAuthor>
  <text>金更达</text>
 </docAuthor>
 <navMap>
  <navPoint id="navpoint-1" playOrder="1">
   <navLabel>
    <text>封面</text>
   </navLabel>
   <content src="cover.htm"/>
  </navPoint>
  <navPoint id="navpoint-2" playOrder="2">
   <navLabel>
    <text>序</text>
   </navLabel>
   <content src="forword.xhtml"/>
  </navPoint>
  <navPoint id="navpoint-3" playOrder="3">
   <navLabel>
    <text>目录</text>
   </navLabel>
   <content src="toc.xhtml"/>
  </navPoint>
  <navPoint id="navpoint-4" playOrder="4">
   <navLabel>
    <text>第一章绪论</text>
   </navLabel>
   <content src="chap01.xhtml"/>
   <navPoint id="navpoint-5" playOrder="5">
    <navLabel>
     <text>第一节数字档案馆：新世纪档案事业的发展方向</text>
    </navLabel>
    <content src="chap01.xhtml#_Toc169344163"/>
   </navPoint>
   <navPoint id="navpoint-6" playOrder="6">
    <navLabel>
     <text>第二节数字档案馆：新世纪档案工作的严峻挑战</text>
    </navLabel>
    <content src="chap01.xhtml#_Toc169344164"/>
   </navPoint>
   <navPoint id="navpoint-7" playOrder="7">
    <navLabel>
     <text>第三节数字档案馆系统研究的理论价值与现实意义</text>
    </navLabel>
    <content src="chap01.xhtml#_Toc169344165"/>
   </navPoint>
  </navPoint>
 </navMap>
</ncx>