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一文读懂相分离（图文详解）

相分离本身是一个物理化学概念，二元或多元混合物会在一定的条件下分到胞质内，将导致细胞凋亡。

相分离

生物信息学

生物信息

数据库

ide

原创 2022-10-30 18:07:20 639 阅读

序列比对应用场景

所有物种/基因都有共同的祖先全基因组比对揭示直系同源片段通过全基因组扫描，识别功能元件比较基因组学揭示保守区比较基因组学揭示功能元件例如上图的基因外显子对老鼠、鸡、鱼都非常保守开发估算约束水平的方法计算替换和间隙的数量估计突变的数量（包括反向突变的估计）

生物信息

序列比对

进化分析

引物设计

原创 2022-05-19 09:41:44 327 阅读

数据库涉及大量数据查询时的注意事项

避免频繁连接和关闭数据库，这样会导致IO访问次数太频繁。设计表时要建立适当的索引，尤其要在 where 及 order by 涉及的列上建立索引避免全表扫描，以下情况会导致放弃索引直接进行全部扫描避免在 where 子句中使用!=或<>操作符避免在 where

数据库

全文检索

查询优化

解决方法

建表

原创 2022-05-19 09:41:07 929 阅读

Ubuntu 服务器安装远程 Rstudio（图文详解）

文章目录一、环境二、安装三、常用操作重启关闭启动检测配置文件查看状态四、配置`rserver.conf` 配置清单`rsession.conf` 配置清单相信大家都用过本地版的 Rstudio，也时常被电脑卡死所困扰，也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够的 error，怎么解决？Rstudio 官方其实有个

ubuntu

r语言

配置文件

常用操作

原创 2022-03-11 17:59:03 954 阅读

用 Zotero 高效管理文献（图文详解）

一、下载与安装下载网址：https://www.zotero.org/download注册网址：https://www.zotero.org/user/register 二、同步设置这一步极其重要，是 Zotero 强大功能的起点，我们可以将感兴趣的论文的 PDF，文献信息存放在云端，结合PDF 阅读器，甚至可以把 PDF 上的笔记一起保存到云端。当有需要的时候，可以从浏览器，电脑，手机

Zotero

文献

文献管理

服务器

安装插件

原创 2022-03-11 17:58:44 856 阅读

细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03

文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程一、介绍前置知识：原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02使用Seurat包来运行，主要实现两个功能：通过marker基因计算细胞周期评分基于评分在预处理过程中，减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响二、预处理数据来自

生物信息学

生物学

细胞周期

R

单细胞转录组

原创 2022-03-11 17:57:59 1175 阅读

生物信息学

导师

大数据

数据分析

基因组

原创 2022-03-08 16:10:22 5186 阅读

一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法

文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息一、什么是参考基因组和基因组注释？先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试

生物信息学

参考基因组

基因组注释

二代测序

hive

原创 2022-03-08 16:09:07 10000+阅读 1点赞

详解 R 语言的PCA与TSNE的降维聚类

为了查看降维聚类的可视化效果，我们先用相似样本降维聚类，然后使用具有差异的样本查看聚类效果。同时使用 PCA 与 TSNE 来观察两种不同方法的聚类效果。文章目录一、相似样本的降维聚类1、载入所需的包2、构建两个相似样本数据集3、绘制热图4、绘制PCA5、绘制TSNE二、差异样本的降维聚类1、构建第

降维

PCA

TSNE

R

聚类

原创 2022-03-08 16:08:50 1594 阅读

生信软件 | STAR（测序序列与参考序列比对）

文章目录零、介绍一、安装二、使用1、建立索引2、STAR 比对三、原理聚类、拼接和评分零、介绍STAR （Spliced Transcripts Alignment to a Reference），用于将测序的 Read 对齐到参考基因组的比对软件，常用于 RNAseq。因其具有较高的准确率，映射速度较其他比对软件高 50 多倍，因此作为 ENCODE 项目的

生物信息学

生信分析

STAR

比对软件

基因组

原创 2022-03-08 16:08:32 3129 阅读

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）

一、软件下载http://software.broadinstitute.org/software/igv/download这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。这里推荐几种方式：配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵话说目前

基因组

基因组浏览器

IGV

生物信息学

生物学

原创 2022-03-08 16:06:09 3055 阅读

单细胞分析的 Python 包 Scanpy（图文详解）

文章目录一、安装二、使用1、准备工作2、预处理过滤低质量细胞样本3、检测特异性基因4、主成分分析（Principal component analysis）5、领域图，聚类图（Neighborhood graph）6、检索标记基因7、保存数据8、番外一、安装如果没有conda 基础，参考： Conda 安装使用图文详解（2021版）pip install

python

生物信息学

单细胞分析

Scanpy

ide

原创 2022-03-08 16:05:19 6650 阅读

解析 Ensembl 的数据库服务器

Ensemble 对于学习生物信息学的我们来说应该是如数家珍了，但是我们平时常用到的操作一般是去查基因，下载基因组，这些都是通过网页端来完成：http://uswest.ensembl.org/index.html上面网页展示的就像大家进入某宝商店中的商品展示图，而真正的货物是存放在仓库的。Ensemble 则是将其“货物”是存

big data

mysql

数据库

数据库服务器

原创 2022-03-08 16:04:56 321 阅读

scanpy 单细胞分析包图文详解 01 | 深入理解 AnnData 数据结构

一、环境准备：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + Anaconda二、安装 scanpypip install scanpy三、AnnData1、AnnData 介绍与结构AnnData 是用于存储数据的对象，一般作为 scanpy 的数据存储格式。

单细胞

生物信息学

scanpy

AnnData

数据

原创 2022-03-08 16:04:30 1584 阅读

转录组自动化分析流程搭建及使用

这次分析流程搭建使用基于Nextflow 的 nf-core，该工具可以实现自动化的转录组上游分析。官网：https://nf-co.re/rnaseqGitHub：https://github.com/nf-core/rnaseq安装 nf-core rnaseq可以使用Git clone，也可以下载好解压到流程目录安装

生物信息学

转录组

nfcore

Nextflow

github

原创 2022-03-08 16:00:18 460 阅读

图解三代测序（SMRT Sequencing）

文章目录一、基本原理二、构建文库三、测序芯片四、上机测序五、测序模型1、Circular Consensus Sequencing (CCS)

三代测序

SMRT

PacBio

生物信息学

测序

原创 2022-03-08 15:59:18 1709 阅读

图解三代测序（Nanopore）

一、测序原理先介绍 Nanopore 测序中的几位主角：Reader ：在自然界中，有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白，具有天然的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后，得到的就是 Nanopore 测序所需的 Reader 蛋白。Membrane：Reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 Membrane

生物信息学

三代测序

Nanopore

生物学

锚定

原创 2022-03-08 15:57:57 2134 阅读 1收藏

Hi-C 测序技术（图解详解）

文章目录一、介绍二、原理及步骤三、三维基因组检测技术比较1、C技术3C（一对一）4C（一对多）5C（多对多）Hi-C（全部互作）2、基于免疫沉淀技术ChIP-loopChIA-PET四、总结一、介绍Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）

生物信息学

Hi-C

三维基因组

测序技术

二代测序

原创 2022-03-08 15:57:17 518 阅读

一文读懂三维基因组

文章目录一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory，CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains，TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains，LAD*

生物信息学

生物学

三维基因组

HiC

3D 基因组

原创 2022-03-08 15:56:16 796 阅读

图解表观遗传学 | 组蛋白修饰

一、组蛋白结构在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。将组蛋白区域放大，我们就会看到这样一串念珠，组蛋白被一根DNA序列串起来。为了方便研究，我们将一个组蛋白和其附近 147bp DNA片段，叫一个核

生物信息学

组蛋白

生物学

ChIPseq

组蛋白修饰

原创 2022-03-08 15:55:55 838 阅读

一文读懂 ChIPseq

一、介绍ChIP-seq，测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），seq 指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究二、测序原理1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联

生物信息学

表观遗传学

ChIPseq

转录因子

组蛋白

原创 2022-03-08 15:55:38 1148 阅读

生信格式 | BedGraph（基因组浏览器绘制）

生信文件格式 | BedGraph（基因组浏览器绘制）一、特点及适用场景：后缀名.bedGraph允许以跟踪格式显示连续值的数据对于概率分数和转录组数据很有用如果bedGraph数据集非常大（超过5000万行），则可以使用该bedGraphToBigWig程序将其转换为bigWig格式bedGraph文件不能转换为 wig 文件。使用

生物信息学

基因组浏览器

bedGraph

UCSC

UCSC基因组浏览器

原创 2022-03-08 15:52:18 666 阅读

UCSC 基因组浏览器配置详解

一、配置参数UCSC基因组浏览器：传送门1、点击配置2、进入配置页面：点击刚刚运行的文件 BedGraph Format2、轨迹配置页面Type of graph ：默认以bar，条形图来显示，选择point会以点或线来显示Track height ：设置图形高度，像素为单位Data view scaling (boxed in red) ：如果选中 use vertical viewing

生物信息学

UCSC 基因组浏览器

基因组浏览器

数据

缩放

原创 2022-03-08 15:51:23 1367 阅读

生信格式 | bigwig，bw （基因组浏览器绘制）

一、特点及适用场景：后缀名：.bw，.bigwigbigWig文件为索引二进制格式主要用于密集，连续的数据在处理大型数据集时，bigWig文件的显示性能比常规的wig文件快得多数据必须是连续的并且由大小相等的元素组成，如果数据是稀疏或包含大小不同的元素时，请使用bedGraph格式二、wig 转 bigwigBigWig文件

生物信息学

生信文件格式

基因组浏览器

bigwig

bw

原创 2022-03-08 15:50:43 1420 阅读

从零开始学统计 11 | 理解置信区间

置信区间假设现在测量了12个小鼠体重的值，注意这里只测量了12只小鼠（样本），而不是地球上的每一只小鼠（总体）取12个测量值，计算平均值，注意这里是样本均值，而不是总体均值（地球上所有小鼠的均值）理解样本均值与总体均值：https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/108392410但是，我们可

1024程序员节

统计学

置信区间

置信度

p值

原创 2022-03-08 15:50:19 978 阅读

Python 自动化提取基因的 CDS

文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍1、提取单个基因CDS2、提取多个基因CDS2、提取全部基因CDS一、环境准备及背景介绍Python 开发环境：搭建 Python 高效开发环境： Pycharm + AnacondaBiopython 序列处理：生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列示例

生物信息学

Python

生物信息

基因

CDS

原创 2022-03-08 15:46:21 779 阅读

生信格式 | wig（基因组浏览器绘制）

文章目录介绍一、variableStep 格式1、特点及适用场景：2、格式：3、例子：二、fixedStep 格式1、特点及适用场景：2、格式：3、例子：三、数据值例子Wig，BigWig，BedGraph，这是几种在基因组浏览器上绘制图形的数据格式。不同的数据格式可以满足不同的显示需求，下面我们一一来看：介绍wig 文件全

生物信息学

生信文件格式

生信格式

wig

基因组

原创 2022-03-08 15:45:57 341 阅读

从零开始学统计 10 | 通俗易懂的 P 值

文章目录怎么计算P值单尾与双尾的P值抽样分布单一分布中抽样两个独立分布中抽样怎么计算P值抛两次硬币，计算两次都为正（H）的概率计算的P值由三个部分组成：在观察到，在随机事件中发生的概率与之概率相等的事件的概率任何比观察的更罕见的事件发生概率抛 5 次硬币，计算都为正（H）的概率，与P值概率为P值由三部分组成

1024程序员节

统计学

显著性

P值

pvalue

原创 2022-03-08 15:44:12 1890 阅读

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