在使用Tomcat运行在Linux操作系统中连接MySQL数据库时，有时会遇到不能访问数据库的问题。这可能是由于多种原因造成的，包括配置错误、权限问题、网络连接等。在遇到这种情况时，我们可以通过以下方法来解决问题。

首先，我们需要确保Tomcat服务器和MySQL数据库服务都已经正确安装并且正在运行。可以使用命令ps -ef | grep java和service mysql status来检查它们的运行状态。如果某个服务没有在运行，可以使用service tomcat start和service mysql start来启动它们。

其次，我们需要检查Tomcat服务器和MySQL数据库的配置文件，确保它们之间的连接信息是正确的。在Tomcat中，我们需要编辑context.xml文件，配置数据库连接信息，包括数据库驱动、URL、用户名和密码等。而在MySQL中，我们需要编辑my.cnf文件，设置数据库监听地址、端口等。确保这些配置信息匹配并且正确。

接着，我们需要检查Tomcat服务器和MySQL数据库之间的网络连接是否正常。可以使用telnet命令来测试Tomcat服务器是否能够连接到MySQL数据库的端口。如果连接不上，可能是防火墙或者网络问题导致的，需要进行相应的调整或者排除故障。

另外，我们还需要检查数据库权限是否正确设置。在MySQL中，我们可以使用命令SHOW GRANTS FOR user@host来查看用户对数据库的权限。确保用户有权限访问数据库和执行相应的操作。

最后，我们可以重启Tomcat服务器和MySQL数据库服务，以确保修改的配置生效。可以使用service tomcat restart和service mysql restart来进行重启操作。

总的来说，要解决Tomcat在Linux下不能访问MySQL的问题，需要关注配置信息、网络连接、权限等多方面的因素。通过逐步排查和解决这些问题，可以成功地让Tomcat连接到MySQL数据库并进行数据操作。希望以上内容对您有所帮助。