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single cell RNA sequencing,简称scRNA_seq, 指的是针对单个细胞的RNA进行分析。传统的转录组分析其样本为多种细胞的混合物，称之为bulk RNA seq, 而scRNA则针对单个细胞进行分析，避免了细胞异质性的问题，对于肿瘤等异质性强的组织,scRNA有着巨大优势。
同时scRNA可以对细胞亚群进行划分，研究细胞谱系，进一步了解和完善细胞分化过程。目前scRNA的研究可谓是如火如荼，本文整理了scRNA数据分析的相关资料。
10X Genomics平台是目前最主流的单细胞平台，除了完整的文库制备外，还集成了对应的数据分析软件cell ranger
- scRNA_seq:单细胞转录组测序简介
- 使用cell ranger拆分10X单细胞转录组原始数据
- 使用cell ranger进行单细胞转录组定量分析
- cell ranger分析结果详细解读
- 使用Loupe Cell Browser查看10X单细胞转录组分析结果
除了cell ranger外，还有一些下游分析的R包
- Seurat:用于分析10X单细胞转录组数据的R包
- 单细胞转录组中的pseudotime究竟是什么
- 使用scater包对单细胞转录组数据进行降维分析
- 使用Rtsne包进行t-SNE降维分析
- 使用monocle包进行pseudotime分析
单细胞转录组技术在发育进化， 肿瘤等疾病的研究领域有着广泛的应用前景，以上的资料只能算是基础概念的扫盲，更多的高级分析还需要深入学习。
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