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miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息，网址如下

​​http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/​​

该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息

  1. human
  2. mouse
  3. rat
  4. dog
  5. cow

官网提供了两种检索功能

1. 一次检索一个miRNA/gene

检索框如下

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_下拉列表

对于​​miRNA​​, 支持mirBase数据库中的ID和编号，也支持miRNA family的名字。

对于​​Gene​​​, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式，也支持输入对应的转录本ID, 比如​​Refseq​​​和​​Ensembl​​数据库中的转录本ID。

检索结果如下所示

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_数据库_02

页面非常简洁，只有一个结果下载的功能。

2. 一次检索多个miRNA/gene

检索框如下

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_下拉列表_03

支持一次检索多个​​miRNA​​​或者​​Genes​​​，适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息，也支持按照​​pathways​​进行检索，适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。

以​​Genes​​为例， 检索结果如下

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_ide_04

最上方的下拉列表，可以对结果进行筛选，即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息，也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。

除了结果导出外，还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能​​Graph​​​和基因集富集功能​​GSEA​​。

对于​​Graph​​而言，结果示意如下

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_下拉列表_05

用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为​​SVG​​​, ​​PNG​​​, ​​JPG​​​等格式。
对于​​​GSEA​​而言，支持以下功能的富集分析

  1. reactome pathway
  2. kegg  pathway
  3. Gene ontology

结果示意如下

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_下拉列表_06

相比​​mirDIP​​​, ​​miRWalk​​​提供的物种更多，而且调控网络的可视化和​​GSEA​​​富集功能也非常的实用，但是由于整合的数据集较少，如果只是分析​​human​​​中的miRNA靶基因信息，用​​mirDIP​​会更加全面一些。

·end·

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miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库_ide_07