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巧用热图展示基因分布的总体趋势

热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息，进一步丰富了展示的信息，一个经典的热图如下图中提供了两大类的信息，第一大部分也是热图的主体部分，即表达量信息，上图中，每一列表示样本，每一行表示基因，用不同颜色表征表达量的不同数值；第二部分为行或者列的注释信息，对应上图中顶部的样

聚类

数据

文本文件

原创推荐 2023-03-14 11:24:48 1266 阅读

文献阅读：NAD+代谢相关基因在肌萎缩侧索硬化症中的预后研究

欢迎关注”生信修炼手册”!文章链接：https://www.frontiersin.org/articles

数据分析

数据

ci

原创 2022-12-29 09:35:11 197 阅读

使用tensorflow创建一个简单的神经网络

欢迎关注”生信修炼手册”!本文是对tensorflow官方入门教程的学习和翻译，展示了创建一个基础的神经网络

数据分析

tensorflow

4s

原创 2022-12-28 21:11:29 405 阅读

155个GPU！多云场景下的Amber自由能计算

基于分子动力学模拟的炼金术自由能计算是加快多种疾病的药物设计和优化的关键工具。

公有云

云平台

并行运算

转载 2022-12-28 21:10:03 203 阅读

手把手教你处理illumina beadchip芯片数据

数据分析

数据

归一化

原创 2022-11-30 12:46:26 358 阅读

组间差异分析就要这样可视化！

在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，但是无法指定添加的p值的位置，在某些时候会缺乏灵活性，今天要介绍的是另外一个R包ggsignif，其帮助手册链接如下https://cran.r-project.org/web/packages/ggsignif/vignettes/i

数据分析

ico

数据

原创 2022-11-30 12:45:49 551 阅读

python专题 | 基础入门篇

欢迎关注”生信修炼手册”!本文将之前发布的python基础语法以及标准库中常用模块的相关推文进行了汇总，方便

python

数据分析

基础语法

原创 2022-10-21 08:59:19 84 阅读

GWAS大家都耳熟能详, TWAS又是何方神圣

GWAS称之为全基因组关联分析，是研究复杂疾病遗传易感性的一种方法，已经广泛应用于各种复杂疾病中，识别到了许多与疾病相关的SNP位点，然而GWAS识别到的很多SNP位点很多位于非编码区，位于非编码区的基因，也由于连锁不平衡的存在，无法确切定位致病的候选基因。只基于gwas的结果，仅能给出候选的染色体区域。为了进一步缩小候选基因的范围，科学家们发明了很多的方法，比如根据SNP调控基因表达的思想，

数据分析

ide

数据

原创 2022-10-17 22:21:08 1466 阅读

MR-base:高效准确的进行孟德尔随机化研究的网站

通过孟德尔随机化研究，可以基于GWAS的结果来推断不同表型之间的因果关系，比如使用的很广泛的两样本MR分析对于暴露因素X和结局变量Y两个表型，以遗传变量G为工具变量，通过各自对应的gwas结果来推断二者的因果关系。目前gwas的公开结果很多，为了更加高效准确的进行MR分析，科学家们开发了MR-base数据库。该数据库收录了1600多个公开的GWAS结果以及基因，蛋白，代谢物，甲基化等不同水平的

数据分析

数据库

github

原创 2022-10-17 22:20:38 1558 阅读

孟德尔随机化研究中评估因果效应大小的方法

欢迎关注”生信修炼手册”!孟德尔随机化研究借助遗传变异这一工具变量，来评估暴露因素与结局变量之间的因果效用。为了准确评估因果效应的大小，有多种方法相继被发明。本文重点看下其中常用的两种方法。1. IVWIVW全称如下Inverse-Variance Weighted称之为逆方差加权，由Burgess等提出，文章链接如下https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pd

数据分析

线性回归

公众号

原创 2022-10-17 22:20:00 1243 阅读

GWAS做完了，下一步做什么？

数据库

数据

数据分析

原创 2022-10-17 22:19:30 460 阅读

孟德尔随机化中的无效工具变量检验

两样本的孟德尔随机化研究只需要基于gwas summary数据，就可以研究暴露因素和结局变量之间的因果关系，是最广泛使用的研究手段之一。要保证MR研究结果的可靠性，需要在分析的各个环节进行有效的质控。孟德尔随机化研究中以遗传变异为工具变量，而合格的工具变量需要符合以下几个条件与暴露因素的强关联，称之为关联性假设与混杂因素相独立，称之为独立性假设只会通过暴露因素对结局变量造成影响，称之为排他性假设

数据分析

随机化

公众号

原创 2022-10-17 22:18:21 616 阅读

今天我们来聊一聊孟德尔随机化

欢迎关注”生信修炼手册”!在传统的实验设计中，由于种种混杂因素的存在，我们仅仅能够分析变量之间的关联性，最典型的比如GWAS, 对于显著的位点，只能够说明这些位点和性状之间存在关联。对于了解事情发生的原因和规律而言，关联性是不够的，我们需要的是因果性。为了更好的探究因果关系，必须在实验设计和方法上加以改进。孟德尔随机化, Mendilian Randomization, 简写为MR,

数据分析

随机化

数据

原创 2022-10-17 22:15:48 2416 阅读

GWAS与eQTL相结合，进一步筛选疾病相关基因

欢迎关注”生信修炼手册”!在GWAS分析结果中，大部分显著的SNP位点都位于非编码区，很难直接挖掘这些位点的

数据分析

公众号

上传

原创 2022-09-05 13:41:31 673 阅读

玩转基因组浏览器之VCF文件的可视化

欢迎关注”生信修炼手册”!除了基因结构，测序深度的可视化外，IGV也可以展示基因组变异信息，支持以下两种文件

数据分析

公众号

二维码

原创 2022-09-05 13:41:20 756 阅读

玩转基因组浏览器之展示RNA二级结构

欢迎关注”生信修炼手册”!除了展示GTF, bed等常规格式的基因结构信息，IGV还可以展示RNA的二级结构

数据分析

二级

公众号

原创 2022-09-05 13:41:13 281 阅读

玩转基因组浏览器之利用IGV查找motif结合位点

欢迎关注”生信修炼手册”!motif在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能，在转录因子的chip

数据分析

公众号

数据库

原创 2022-09-05 13:41:00 399 阅读

玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

欢迎关注”生信修炼手册”!和CNV类似，IGV也可以以热图的形式展示基因表达量的数据，要求表达量文件的格式为

数据分析

公众号

菜单栏

原创 2022-09-05 13:40:53 228 阅读

玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

欢迎关注”生信修炼手册”!除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具BlatMotif find

数据分析

公众号

二维码

原创 2022-09-05 13:40:46 478 阅读

玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

欢迎关注”生信修炼手册”!在TCGA项目中，使用Affymetrix SNP 6.0芯片来分析CNV, 首先

数据分析

公众号

菜单栏

原创 2022-09-05 13:40:37 436 阅读

机器学习专题

欢迎关注”生信修炼手册”!随着人工智能的火热，机器学习和深度学习技术再一次进入了大众的视野。python的s

数据分析

机器学习

聚类算法

原创 2022-09-05 13:40:27 87 阅读

使用PRSice进行多基因风险评分分析

欢迎关注”生信修炼手册”!PRSice是最常用的多基因风险评分软件之一，目前最新版本为v2, 官网如下htt

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:38:30 727 阅读

polygenic risk score:多基因风险评分

欢迎关注”生信修炼手册”!针对复杂疾病，通过GWAS研究可以识别到大量的疾病易感位点，然而这些位点绝大多数都

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:38:13 737 阅读

全网最完整的circos中文教程

欢迎关注”生信修炼手册”!circos 是一款染色体相关数据的可视化软件，采用圆环的形式展示染色体上的相关信

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:38:03 1157 阅读

KEGG数据库，除了pathway你还知道哪些

欢迎关注”生信修炼手册”!KEGG称之为京都基因组百科全书，作为一个综合型的数据库，和NCBI类似，它也是有

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:37:34 221 阅读

DNA甲基化数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:37:23 300 阅读

突变检测数据分析专题

欢迎关注”生信修炼手册”!随着NGS测序技术的发展，以WES, WGS, 靶向捕获测序为主的高通量数据分析广

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:37:13 165 阅读

Linear Mixde Model:线性混合模型简介

欢迎关注”生信修炼手册”!Linear Mixde Model, 简称LMM, 称之为线性混合模型。从名字也

数据库

数据

线性模型

原创 2022-09-05 13:37:06 1108 阅读

想要进行gene prioritization分析，请看这里！

欢迎关注”生信修炼手册”!通过GWAS分析可以识别到与性状关联的SNP位点，然而从生物学角度出发，我们更想了

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:36:54 173 阅读

使用GCTA的GREML评估SNP遗传力

欢迎关注”生信修炼手册”!评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的

数据库

数据

数据分析

原创 2022-09-05 13:36:44 644 阅读

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玩转基因组浏览器之展示RNA_seq中的基因表达量

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