目录专题一：R和Rstudio简介及入门和作图基础专题二：R语言数据清洗-tidyverse包应用 专题三：群落数据准备及探索分析 专题四：群落数据非约束排序-PCA、CA、PCoA、NMDS 专题五：群落数据约束排序-RDA、dbRDA、CCA、4th Corner 专题六：群落数据分组分析: 等级/非等级聚类（HC/NHC）、PERMANOVA等&n
转载
2023-11-27 20:20:07
112阅读
R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法。本次以生物群落数据分析中的最常用的统计方法回归和混合效应模型、多元统计分析技术及结构方程等数量分析方法为主线，通过多个来自经典研究中的实例，详细讲述各方法的R语言实现途径。主要特点为聚焦群落生态学研究领域，从R语言基础操作和作图、数据准备整理，到各种数量分析方法的应用情景分析，实现从
转载
2023-10-05 15:56:54
109阅读
# 使用 R 语言构建生物进化树的入门指南
在计算生物学中，生物进化树（Phylogenetic Tree）是一种常用的图形表示方法，展示了物种之间的进化关系。本文将为刚入行的小白开发者提供一个简单的步骤来创建生物进化树，并将包含每一步的代码示例及相应说明。我们将以 R 语言为工具，并使用相关包实现这一过程。
## 整体流程
那么，构建一个简单的生物进化树需要哪些步骤呢？下面是一个简易的流程
什么是系统发育树 如何看系统发育树并确定哪些物种最相关 1. 要点 系统发育树是表示生物体之间进化关
什么是系统发育树如何看系统发育树并确定哪些物种最相关1. 要点系统发育树是表示生物体之间进化关系的图表。系统发育树是假设的，而不是确定的事实。系统发育树中的分支模式反映了物种或其他群体如何从一系列共同祖先进化而来的关系。在树中，如果两个物种有一个更近的共
转载
2023-11-29 15:14:09
314阅读
这个问题，作为理论计算机科学的核心问题，其声名早已经超越了这个领域。它是Clay研究所的七个百万美元大奖问题之一，在2006国际数学家大会上，它是某个1小时讲座的主题。
要说起P和NP是什么东西，得先从算法的多项式时间复杂度谈起，注意，这里面的两个P都是指Polynomial(多项式)。
一个问题的规模指的是输入的总位数，比如一个n个数的排序问题，输入规模就是n。注意，
目录微生物来源分析写在前面准备微生物来源分析就正常样品而言，我们都会测定重复，这里基于多个样品的sourceracker分析出图，简单出一张饼图供大家参考基于多个重复，我们合并饼图展示欢迎加入微生信生物讨论群，扫描下方二维码添加小编微信，小编带你入伙啦，大牛如云，让交流变得简单。历史目录R语言分析技术扩增子专题基于phyloseq的微生物群落分析代谢组专题当科研遇见python科学知识图谱杂谈微生
1、粘贴命令1）使用p命令可以将最后一次删除的内容粘贴到光标之后。（大写的P则是粘贴到光标之前）。注意：——如果你需要粘贴的是整行为单位，那么p命令将在光标的下一行开始粘贴；——如果你拷贝的是非整行的局部字符串，那么p命令将在光标后开始粘贴。2、拷贝命令vim用 y 命令来实现拷贝： y [数字] motion 其中数字参数可有可无。其中motion同样是用来表示操作范围的指令，即yy表示拷贝当前
# 在 R 语言中实现微生物网络分析：Spearman 相关系数的计算
在生物信息学和微生物生态学领域，理解微生物之间的相互关系是非常重要的。计算 Spearman 相关系数能够帮助我们发现微生物种群之间的相关性。本文将逐步指导你如何使用 R 语言实现这个过程。
## 整体流程
下面是实现 Spearman 相关系数计算的具体流程：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
## R语言微生物聚类分析代码实现流程
### 1. 导入数据
首先，我们需要将待分析的微生物数据导入R环境中。可以使用以下代码实现数据导入：
```R
# 导入数据
data
> 标准化代码使用`scale()`函数对数据进行标准化处理。
>
> 层次聚类代码使用`hclust()`函数对数据进行层次聚类分析。
>
> K均值聚类代码使用`kmeans()`函数对数据进行K均值聚类分析。
原创
2023-11-15 06:27:29
127阅读
# R语言做微生物堆积图
微生物堆积图是一种用于展示不同微生物群落在不同样本中的相对丰度的可视化方法。通过堆积图，我们可以一目了然地看到不同微生物在样本中的分布情况，帮助我们了解微生物群落的组成和变化。在本文中，我们将介绍如何使用R语言进行微生物堆积图的制作，并给出相应的代码示例。
## 准备数据
在制作微生物堆积图之前，我们首先需要准备好微生物群落数据。假设我们有一个包含不同样本的数据框，
原创
2023-09-18 04:44:07
245阅读
# 使用R语言分析微生物物种丰度的完整指南
## 引言
在生物学和生态学研究中，微生物物种丰度的分析是非常重要的环节。它可以帮助科学家了解生态系统的健康状况、微生物之间的相互作用等信息。在这篇文章中，我将教你如何使用R语言来分析微生物物种丰度。我们将一步步进行，确保你能理解每一个步骤。
## 流程概述
以下是我们进行微生物物种丰度分析的基本流程：
| 步骤 | 描述
metacoder_相关物种分类树绘制这个包学习分享的人不多，一方面应用的比较少，其次呢这是基于R6编程的产物，有一定的门槛，其实只要你学会S4类对象，就差不多理解了。例如phyloseq就是典型的S4类对象。这里给出一个应用的案例：metacoder 包学习安装和导入R包#--选择安装cran或者github中的R包
# if(!require(metacoder))install.packag
转载
2023-10-09 22:18:39
256阅读
我们围绕进化树技术进行一些咨询，分析生物类群在时间上的多样性是如何变化的我们将用到分类单元数-时间图（Lineages-through-time plot）,该图可以用来描述物种多样化的总体趋势。相关视频数据3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。各支系图示这棵
如何使用R语言读取进化树
## 流程概述
为了读取进化树，我们将按照以下步骤进行操作：
1. 导入所需的包
2. 读取进化树文件
3. 解析进化树文件
4. 可选：分析和可视化进化树
接下来，我将详细说明每个步骤所需的代码和解释。
## 1. 导入所需的包
在开始读取进化树之前，我们需要导入一些R语言的包。这些包包括`ape`和`phytools`，它们提供了读取和处理进化树的功能。
原创
2023-12-23 03:45:16
176阅读
概观本文是有关 基于树的 回归和分类方法的。用于分割预测变量空间的分割规则可以汇总在树中，因此通常称为 决策树 方法。树方法简单易懂，但对于解释却非常有用，但就预测准确性而言，它们通常无法与最佳监督学习方法竞争。因此，我们还介绍了装袋，随机森林和增强。这些示例中的每一个都涉及产生多个树，然后将其合并以产生单个共识预测。我们看到，合并大量的树可以大大提
Introduction统计分析在生物信息学中具有非常重要的意义，因为生物信息学研究的数据量庞大、复杂性高，而统计分析可以帮助我们更好地理解和解释这些数据。下面是统计分析对生物信息学的几个重要意义：数据清洗和预处理：生物信息学研究中经常需要处理大规模的数据，而这些数据可能存在噪声、错误和缺失值等问题。统计分析可以帮助我们对数据进行清洗和预处理，以确保数据的质量和可靠性。数据可视化：统计分析可以帮助
写在前面曼哈顿图 (Manhattan Plot) 是散点图的一种，在微生物组研究中通常用于表示微生物差异丰度的结果，是微生物组分析中常用的展示方式。本期我们挑选2022年6月23日刊登在iMeta上的Biochar stimulates tomato roots to recruit a bacterial assemblage contributing to disease resistanc
转载
2024-01-11 09:00:25
353阅读
R语言可以实现进化树的绘制，下面是一份用于指导新手实现的步骤：
## 步骤概览
下面是绘制进化树的一般步骤概览：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 准备数据 |
| 2 | 构建进化树 |
| 3 | 绘制进化树 |
接下来，我们将逐步介绍每个步骤需要做的事情。
## 步骤详解
### 步骤一：准备数据
首先，我们需要准备用于构建进化树的数据。常见的数据
原创
2023-09-27 18:25:53
157阅读
由于微信不允许外部链接，你需要点击文章尾部左下角的 "阅读原文"，才能访问文中链接。QIIME 2 是一个功能强大，可扩展，分散式的（decentralized）微生物组分析软件包，专注于数据和分析透明度。 QIIME 2 使研究人员能够从原始 DNA 序列数据开始进行分析，最终得到以符合出版物标准的图形数据和统计结果。主要特点：集成和自动跟踪数据来源语义类型系统（Semantic type sy
新技术推动微生物研究新技术一直是推动科研发展的利器。微生物作为生物学家研究热点，对其基因组进行高分辨率、精准解析，一直是科研人员的共同需求。当前，解析微生物群落的物种构成主要依赖于扩增子测序和宏基因组测序。然而，扩增子测序存在扩增偏好、脱靶、分辨率低等问题，宏基因组测序对样本DNA质量要求高，且通常无法解析菌株水平的基因组。MobiMicrobe微生物高通单细胞基因组技术和2bRAD-M简化宏基因
转载
2023-10-17 22:53:10
102阅读
